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万見
- PDB-6l9i: Crystal Structure of Lactobacillus farciminis Oxalate Decarboxyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l9i
タイトルCrystal Structure of Lactobacillus farciminis Oxalate Decarboxylase Formate Complex
要素Oxalate decarboxylase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Oxalate decarboxylase / Lyase / Oxalate / Formate / Intestinal flora / Lactobacillus
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bicupin, oxalate decarboxylase/oxidase / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / Oxalate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus farciminis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Wu, F. / Cheng, L.K. / Wang, C.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31700625 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Lactobacillus farciminis Oxalate Decarboxylase Formate Complex
著者: Wu, F. / Cheng, L.K. / Wang, C.Y.
履歴
登録2019年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxalate decarboxylase
B: Oxalate decarboxylase
C: Oxalate decarboxylase
D: Oxalate decarboxylase
E: Oxalate decarboxylase
F: Oxalate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,35724
ポリマ－243,4226
非ポリマー93518
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34080 Å2
ΔGint-258 kcal/mol
Surface area67700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.957, 122.842, 115.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.475, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 36 - 372 / Label seq-ID: 15 - 351

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11chain 'A'AA
22chain 'B'BB
33chain 'C'CC
44chain 'D'DD
55chain 'E'EE
66chain 'F'FF

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要素

#1: タンパク質
Oxalate decarboxylase


分子量: 40570.328 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus farciminis (バクテリア)
遺伝子: ABB44_10110, ABB45_10090 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H4LHD1
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 18% PEG 3350, 0.2M NH4Cl, 0.2M Sodium dihydrogen phosphate, 0.2M Bis-Tris pH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 62238 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 35.85 Å2 / CC1/2: 0.952 / Net I/σ(I): 8.25
反射 シェル解像度: 2.79→2.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.857 / Num. unique obs: 5989 / CC1/2: 0.81 / Rrim(I) all: 0.751

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UW8

1uw8


解像度: 2.79→48 Å / SU ML: 0.3145 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.3663
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 3104 4.99 %
Rwork0.1971 --
obs0.1986 62185 96.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16020 0 30 248 16298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006816518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.109122506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06332400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00752970
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.74852106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-2.840.30151010.24961795X-RAY DIFFRACTION65.88
2.84-2.880.30081390.24972682X-RAY DIFFRACTION97.01
2.88-2.930.28771320.24242688X-RAY DIFFRACTION97.65
2.93-2.990.32681250.25212720X-RAY DIFFRACTION98.17
2.99-3.040.28091330.23932725X-RAY DIFFRACTION98.59
3.04-3.110.28841370.22852739X-RAY DIFFRACTION98.29
3.11-3.170.31011530.21162703X-RAY DIFFRACTION98.52
3.17-3.250.26471700.20992693X-RAY DIFFRACTION98.96
3.25-3.330.23371780.20722722X-RAY DIFFRACTION99.11
3.33-3.420.22331380.21062737X-RAY DIFFRACTION99.14
3.42-3.520.25281800.2192685X-RAY DIFFRACTION99
3.52-3.630.25541390.21482747X-RAY DIFFRACTION98.97
3.63-3.760.2141390.19752752X-RAY DIFFRACTION99.28
3.76-3.910.21041200.18582772X-RAY DIFFRACTION99.01
3.91-4.090.22581350.18132621X-RAY DIFFRACTION94.87
4.09-4.310.18881580.16452666X-RAY DIFFRACTION96.35
4.31-4.580.17351560.15442736X-RAY DIFFRACTION99.72
4.58-4.930.18151300.15842798X-RAY DIFFRACTION99.76
4.93-5.430.18061500.17512785X-RAY DIFFRACTION99.83
5.43-6.210.19071400.19362785X-RAY DIFFRACTION99.86
6.21-7.820.19481250.1832773X-RAY DIFFRACTION98.5
7.82-480.26581260.2072757X-RAY DIFFRACTION95.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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