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- PDB-6l8t: Crystal structure of the Fab fragment of a humanized HBV therapeu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l8t
タイトルCrystal structure of the Fab fragment of a humanized HBV therapeutic antibody
要素
  • Antibody heavy chain
  • Antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.766 Å
データ登録者He, M.Z. / Gu, Y. / Li, S.W.
引用ジャーナル: Antiviral Res. / : 2020
タイトル: Structure guided maturation of a novel humanized anti-HBV antibody and its preclinical development.
著者: Zhou, B. / Xia, L. / Zhang, T. / You, M. / Huang, Y. / He, M. / Su, R. / Tang, J. / Zhang, J. / Li, S. / An, Z. / Yuan, Q. / Luo, W. / Xia, N.
履歴
登録2019年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Antibody light chain
H: Antibody heavy chain
B: Antibody light chain
A: Antibody heavy chain
D: Antibody light chain
C: Antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,1796
ポリマ-143,1796
非ポリマー00
27,8691547
1
L: Antibody light chain
H: Antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7262
ポリマ-47,7262
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20740 Å2
手法PISA
2
B: Antibody light chain
A: Antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7262
ポリマ-47,7262
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20430 Å2
手法PISA
3
D: Antibody light chain
C: Antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7262
ポリマ-47,7262
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.942, 75.943, 137.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Antibody light chain


分子量: 24082.857 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody heavy chain


分子量: 23643.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1547 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 152195 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.087 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 568776
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.76-1.793.70.65375190.6840.3970.7660.96999.9
1.79-1.823.70.52775830.7940.3190.6180.992100
1.82-1.863.70.42776280.8420.2580.50.994100
1.86-1.93.70.33976410.8940.2050.3971.013100
1.9-1.943.70.27276270.9290.1640.3181.029100
1.94-1.983.70.22475460.9460.1360.2631.058100
1.98-2.033.70.18176150.9640.1090.2121.081100
2.03-2.093.80.15176150.9770.0910.1761.132100
2.09-2.153.80.12675740.9820.0750.1471.12299.8
2.15-2.223.80.10876280.9870.0650.1271.14199.9
2.22-2.33.80.10176300.9880.0610.1181.18799.7
2.3-2.393.80.09176020.990.0540.1061.18899.9
2.39-2.53.80.08576220.9910.050.0991.16299.6
2.5-2.633.80.08375790.9910.050.0971.25799.9
2.63-2.793.80.07576430.9910.0450.0871.24299.6
2.79-3.013.70.07176230.9910.0420.0831.10399.7
3.01-3.313.70.05976300.9940.0350.0681.03399.7
3.31-3.793.60.03976140.9970.0230.0451.02399.3
3.79-4.783.80.0377060.9980.0180.0350.96399.7
4.78-103.70.03375700.9970.020.0391.04196.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MAU
解像度: 1.766→26.537 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1923 7493 4.92 %
Rwork0.1649 --
obs0.1663 152165 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 152.97 Å2 / Biso mean: 41.5239 Å2 / Biso min: 10.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.766→26.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10076 0 0 1547 11623
Biso mean---44.11 -
残基数----1317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00814059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.343692
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.766-1.78590.2792090.2619426488
1.7859-1.80690.28732650.24964789100
1.8069-1.82890.27242440.23234806100
1.8289-1.85210.26122450.22524898100
1.8521-1.87640.24142480.21154793100
1.8764-1.90210.23862580.20594900100
1.9021-1.92930.24342250.1954768100
1.9293-1.95810.24312810.19324838100
1.9581-1.98870.22222500.18864876100
1.9887-2.02130.22612420.18324787100
2.0213-2.05610.21272770.17724900100
2.0561-2.09350.20232580.17594808100
2.0935-2.13370.22242260.17654826100
2.1337-2.17730.20042440.17094880100
2.1773-2.22460.23122370.16994856100
2.2246-2.27630.19122270.16944830100
2.2763-2.33320.21722340.16864854100
2.3332-2.39620.20642380.17234837100
2.3962-2.46670.18712390.17034855100
2.4667-2.54630.20512610.1744832100
2.5463-2.63720.222540.17564821100
2.6372-2.74270.20512770.17364824100
2.7427-2.86740.2022860.17284826100
2.8674-3.01830.19412480.16664861100
3.0183-3.20710.19382710.16844864100
3.2071-3.45430.17842310.16024867100
3.4543-3.8010.17022580.1499483799
3.801-4.34890.16062570.14034897100
4.3489-5.47130.13852470.12484913100
5.4713-100.1842560.1633476595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.79491.8008-0.87196.612-3.16014.529-0.1747-0.51070.01690.51010.26960.5573-0.42750.0121-0.17220.55580.08370.17440.45710.09180.2752-34.6743-14.00561.3303
22.1990.7455-0.12634.9622-2.32723.9642-0.0363-0.32550.08410.5589-0.0576-0.1373-0.53770.55520.15710.5746-0.0660.06610.50270.07430.2196-25.2819-13.5713-1.2927
30.45870.8218-0.8544.0956-2.85021.86690.1384-0.441-0.01260.9742-0.03890.4276-0.48410.1326-0.14420.4761-0.00850.14280.38860.10180.3155-33.3114-9.4437-7.905
44.85041.72783.14422.93151.43263.0570.1137-0.04330.450.1615-0.06850.59550.0587-0.0894-0.04560.24230.01540.08480.18670.07120.3275-42.38411.4095-31.2204
55.82891.92794.25912.34131.48314.74340.04180.07440.68210.1453-0.13010.5159-0.1719-0.15630.12530.2419-0.00090.12290.23530.08480.3331-41.96074.5056-30.6666
64.6382-1.34195.69225.8778-1.56947.46450.0154-0.05570.1394-0.24790.01860.36190.27860.29390.02120.2955-0.02950.05250.37860.06080.2134-28.3907-30.8136-22.0079
71.82740.3078-1.65852.98850.87841.9379-0.2553-0.5478-0.50950.42060.33320.17810.18960.4308-0.08450.36460.03770.03370.43850.14440.2604-25.7643-32.9566-11.4681
82.74310.8258-0.25716.6422-2.8045.40810.0038-0.3207-0.37550.28070.32191.04690.1102-0.0201-0.32410.33130.01190.08080.37080.16010.3029-33.633-31.778-8.704
94.1479-1.25781.46193.9656-1.08832.8952-0.0618-0.145-0.93420.09530.21560.77150.4574-0.0922-0.09060.3909-0.00270.03720.31410.19590.4271-32.1985-38.0099-14.3413
108.65821.63174.65556.5861-0.09742.9156-0.42080.02230.3155-0.33070.36460.64690.0383-0.1372-0.0030.3067-0.02660.05240.35720.16250.2737-35.118-27.4365-19.1652
111.2696-1.85832.26662.9068-3.87626.64750.1453-0.1461-0.2771-0.12990.1280.30660.2528-0.0213-0.12080.3083-0.05420.01510.30330.08960.2567-30.3001-24.0052-22.8623
125.11080.97892.5610.39860.13675.1452-0.16480.01620.8935-0.2574-0.15940.6233-0.8096-0.10470.24210.35330.01590.02560.29270.10070.3547-33.81987.0722-40.0385
131.56550.90660.38972.5174-0.16331.55510.1448-0.0482-0.06390.1536-0.0080.20490.1532-0.0962-0.15690.22440.01390.00120.20870.07030.1974-30.1987-5.0139-34.5393
143.64481.508-0.62172.6399-3.69135.53430.0570.0536-0.3251-0.2846-0.1466-0.3790.24040.25490.22940.1350.055-0.00910.22320.03250.1857-24.5805-4.0682-41.5685
153.043-2.59263.59633.6922-5.02266.4477-0.03790.03440.0904-0.26960.21110.05440.0672-0.2425-0.11650.1794-0.01260.00710.27150.0720.2522-32.60311.6701-48.3979
162.77850.5922-0.25551.8699-0.04471.65210.01250.1426-0.0749-0.03870.0423-0.23890.10310.1757-0.04870.10490.0255-0.01830.167-0.05590.18465.2391-20.7695-68.8971
172.26442.02871.45242.51291.44261.049-0.00030.1554-0.0920.13240.1772-0.29410.07470.1676-0.16120.11320.0148-0.02060.1598-0.03090.21693.969-15.1825-60.8624
188.3756-3.8175-3.0163.22712.09533.84850.119-0.33350.37180.1323-0.0064-0.1971-0.0872-0.0749-0.10190.1472-0.0394-0.04580.1689-0.05850.21360.0277.0869-44.2901
195.9809-1.8326-2.0221.76971.14573.6397-0.1181-0.79120.20750.3150.1838-0.2098-0.13490.1501-0.07460.2052-0.0164-0.03330.1945-0.02590.22571.04065.1242-41.2987
208.0134-3.2008-5.60916.17864.02315.18220.37920.33520.4245-0.4745-0.1617-0.0384-0.7658-0.1217-0.45390.09940.0025-0.08920.19960.00720.182-18.9715-7.9247-70.8347
213.44080.31381.00462.78571.01713.5442-0.01620.2833-0.0427-0.1019-0.00610.11380.03370.0049-0.00290.0857-0.00910.0060.133-0.01950.1294-17.7003-18.679-73.7088
228.7743-0.6636-4.68544.28083.73067.05620.0142-0.23080.12370.0574-0.02150.17730.09390.1672-0.02750.08580.021-0.02670.06850.01930.1252-16.7857-12.2873-64.405
230.28770.0915-0.39761.59370.86811.13590.03440.03040.11240.11170.0806-0.0587-0.01020.1127-0.0980.11680.0064-0.01170.1537-0.00490.2053-7.77153.1208-58.6961
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295.75255.78610.21177.76192.66253.13380.1142-0.4564-0.52750.2613-0.0286-0.4210.09620.171-0.15090.25860.0303-0.03620.2620.0730.227-1.0828-35.9067-26.8949
303.02051.2711-0.46643.31292.20815.874-0.0565-0.4384-0.39160.3025-0.01940.13420.4777-0.3341-0.02890.21840.03190.00640.36380.1460.2856-8.1338-39.9019-23.4584
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334.90653.694-1.71813.3435-2.22923.60320.3924-0.05630.70240.0214-0.02320.5757-0.8597-1.011-0.32170.67740.17420.12020.6412-0.04470.39491.049-8.5734-12.0358
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353.69580.42020.97066.64170.98094.72830.0348-0.1096-0.39080.53080.1189-0.26030.17150.1683-0.11130.2293-0.0035-0.00410.23840.01820.149911.9105-34.5001-40.9126
362.1756-0.2235-0.18452.580.54633.54780.0099-0.0459-0.073-0.08790.0180.0746-0.30930.0026-0.02460.2616-0.0058-0.0430.10550.01480.17374.8261-32.0351-44.722
371.34720.71270.86461.80560.49261.0557-0.0591-0.24520.1521-0.04750.03770.1235-0.3849-0.00950.03530.4143-0.01010.01670.2546-0.03330.221511.1452-19.0406-27.9746
381.55690.53360.45121.3283-1.32575.94180.0342-0.3080.10450.07130.017-0.12010.19980.0338-0.08650.517-0.0199-0.0280.3266-0.0910.257517.7826-13.9695-14.7032
391.372.79110.31395.49080.66240.04070.3168-0.153-0.06540.5933-0.66880.06240.3135-0.54160.36270.56-0.0665-0.06660.5981-0.15590.374425.1597-3.3872-8.8622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 37 )L1 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 38 through 95 )L38 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 96 through 118 )L96 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 119 through 168 )L119 - 168
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 169 through 219 )L169 - 219
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 1 through 17 )H1 - 17
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 18 through 41 )H18 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 42 through 60 )H42 - 60
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 61 through 83 )H61 - 83
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 84 through 98 )H84 - 98
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 99 through 119 )H99 - 119
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 120 through 134 )H120 - 134
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 135 through 188 )H135 - 188
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 189 through 203 )H189 - 203
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 204 through 220 )H204 - 220
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 1 through 95 )B1 - 95
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 96 through 118 )B96 - 118
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 119 through 155 )B119 - 155
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 156 through 219 )B156 - 219
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 1 through 17 )A1 - 17
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 18 through 83 )A18 - 83
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 84 through 98 )A84 - 98
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 99 through 134 )A99 - 134
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 135 through 190 )A135 - 190
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 191 through 203 )A191 - 203
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'A' and (resid 204 through 220 )A204 - 220
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 1 through 18 )D1 - 18
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 19 through 37 )D19 - 37
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 38 through 53 )D38 - 53
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 54 through 95 )D54 - 95
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 96 through 118 )D96 - 118
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 119 through 134 )D119 - 134
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 135 through 155 )D135 - 155
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 156 through 219 )D156 - 219
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'C' and (resid 1 through 34 )C1 - 34
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'C' and (resid 35 through 83 )C35 - 83
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'C' and (resid 84 through 134 )C84 - 134
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'C' and (resid 135 through 203 )C135 - 203
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'C' and (resid 204 through 220 )C204 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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