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- PDB-6l8d: Hexameric structure of the ATPase subunit of magnesium chelatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l8d
タイトルHexameric structure of the ATPase subunit of magnesium chelatase
要素Magnesium-chelatase subunit ChlI
キーワードHYDROLASE / AAA+ / ATPase / Magnesium chelatase / chlorophyll biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium chelatase / magnesium chelatase activity / chlorophyll biosynthetic process / photosynthesis / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Magnesium chelatase, ATPase subunit I / ChlI/MoxR, AAA lid domain / AAA lid domain / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Magnesium-chelatase subunit ChlI
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Gao, Y. / Liu, L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Hexameric structure of the ATPase motor subunit of magnesium chelatase in chlorophyll biosynthesis.
著者: Gao, Y.S. / Wang, Y.L. / Wang, X. / Liu, L.
履歴
登録2019年11月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium-chelatase subunit ChlI
B: Magnesium-chelatase subunit ChlI
C: Magnesium-chelatase subunit ChlI
D: Magnesium-chelatase subunit ChlI
E: Magnesium-chelatase subunit ChlI
F: Magnesium-chelatase subunit ChlI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,5006
ポリマ－243,5006
非ポリマー00
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7810 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area75650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)211.034, 121.149, 119.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-415-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(CHAIN A AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...
21(CHAIN B AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...
31(CHAIN C AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...
41(CHAIN D AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...
51(CHAIN E AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...
61(CHAIN F AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALVALVAL(CHAIN A AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...AA1414
12LYSLYSLYSLYS(CHAIN A AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...AA5353
13GLUGLUGLUGLU(CHAIN A AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...AA6666
14VALVALGLUGLU(CHAIN A AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...AA14 - 35914 - 359
15VALVALGLUGLU(CHAIN A AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...AA14 - 35914 - 359
16VALVALGLUGLU(CHAIN A AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...AA14 - 35914 - 359
17VALVALGLUGLU(CHAIN A AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...AA14 - 35914 - 359
21VALVALVALVAL(CHAIN B AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...BB1414
22LYSLYSLYSLYS(CHAIN B AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...BB5353
23GLUGLUGLUGLU(CHAIN B AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...BB6666
24VALVALVALVAL(CHAIN B AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...BB14 - 35414 - 354
25VALVALVALVAL(CHAIN B AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...BB14 - 35414 - 354
26VALVALVALVAL(CHAIN B AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...BB14 - 35414 - 354
27VALVALVALVAL(CHAIN B AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...BB14 - 35414 - 354
31VALVALVALVAL(CHAIN C AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...CC1414
32LYSLYSLYSLYS(CHAIN C AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...CC5353
33GLUGLUGLUGLU(CHAIN C AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...CC6666
34VALVALVALVAL(CHAIN C AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...CC14 - 35314 - 353
35VALVALVALVAL(CHAIN C AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...CC14 - 35314 - 353
36VALVALVALVAL(CHAIN C AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...CC14 - 35314 - 353
37VALVALVALVAL(CHAIN C AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...CC14 - 35314 - 353
41VALVALVALVAL(CHAIN D AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...DD1414
42LYSLYSLYSLYS(CHAIN D AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...DD5353
43GLUGLUGLUGLU(CHAIN D AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...DD6666
44VALVALVALVAL(CHAIN D AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...DD14 - 35414 - 354
45VALVALVALVAL(CHAIN D AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...DD14 - 35414 - 354
46VALVALVALVAL(CHAIN D AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...DD14 - 35414 - 354
47VALVALVALVAL(CHAIN D AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...DD14 - 35414 - 354
51VALVALVALVAL(CHAIN E AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...EE1414
52LYSLYSLYSLYS(CHAIN E AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...EE5353
53GLUGLUGLUGLU(CHAIN E AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...EE6666
54VALVALVALVAL(CHAIN E AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...EE14 - 35414 - 354
55VALVALVALVAL(CHAIN E AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...EE14 - 35414 - 354
56VALVALVALVAL(CHAIN E AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...EE14 - 35414 - 354
57VALVALVALVAL(CHAIN E AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...EE14 - 35414 - 354
61VALVALVALVAL(CHAIN F AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...FF1414
62LYSLYSLYSLYS(CHAIN F AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...FF5353
63LYSLYSLYSLYS(CHAIN F AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...FF105105
64VALVALASPASP(CHAIN F AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...FF14 - 35514 - 355
65VALVALASPASP(CHAIN F AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...FF14 - 35514 - 355
66VALVALASPASP(CHAIN F AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...FF14 - 35514 - 355
67VALVALASPASP(CHAIN F AND (RESID 14 THROUGH 46 OR RESID 53...FF14 - 35514 - 355

-
要素

#1: タンパク質
Magnesium-chelatase subunit ChlI / Mg-protoporphyrin IX chelatase


分子量: 40583.254 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
株: Kazusa / 遺伝子: chlI, slr1030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51634, magnesium chelatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium malonate, PEG 3,350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 64295 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6437

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G8P

1g8p


解像度: 2.91→49.33 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 2723 5.14 %
Rwork0.233 50210 -
obs0.234 52933 80.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.61 Å2 / Biso mean: 47.43 Å2 / Biso min: 15.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.91→49.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12000 0 0 112 12112
Biso mean---37.25 -
残基数----1582
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A6694X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
12B6694X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
13C6694X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
14D6694X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
15E6694X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
16F6694X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.91-2.95740.2639810.253135642
2.9574-3.01430.2915840.2415153447
3.0143-3.07580.2564860.2385173453
3.0758-3.14270.25931210.244193959
3.1427-3.21580.29271070.2549210665
3.2158-3.29620.25131240.2513227770
3.2962-3.38530.26691550.2561243075
3.3853-3.48490.29571660.2616251478
3.4849-3.59730.25161550.2457266582
3.5973-3.72590.25871480.2333292989
3.7259-3.8750.24471790.2336309595
3.875-4.05130.25271690.2218320097
4.0513-4.26470.21891650.2104322599
4.2647-4.53180.22821520.2057327599
4.5318-4.88140.24261660.2013322998
4.8814-5.37210.23281730.2271319298
5.3721-6.14820.29132010.2788319498
6.1482-7.74120.24841690.2484318296
7.7412-49.330.24571220.2231313491
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 96.6474 Å / Origin y: 140.0618 Å / Origin z: 23.3171 Å
111213212223313233
T0.3212 Å20.0043 Å2-0.0035 Å2-0.3446 Å20.0124 Å2--0.271 Å2
L-0.008 °2-0.0531 °20.0094 °2-0.1861 °20.0402 °2---0.1978 °2
S-0.0249 Å °-0.0312 Å °0.0473 Å °0.0305 Å °0.0057 Å °0.0105 Å °-0.0063 Å °0.0057 Å °0.0211 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA14 - 359
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA401 - 420
3X-RAY DIFFRACTION1ALLB14 - 354
4X-RAY DIFFRACTION1ALLB401 - 422
5X-RAY DIFFRACTION1ALLC14 - 353
6X-RAY DIFFRACTION1ALLC401 - 419
7X-RAY DIFFRACTION1ALLD14 - 354
8X-RAY DIFFRACTION1ALLD401 - 419
9X-RAY DIFFRACTION1ALLE14 - 354
10X-RAY DIFFRACTION1ALLE401 - 414
11X-RAY DIFFRACTION1ALLF14 - 355
12X-RAY DIFFRACTION1ALLF401 - 418

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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