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- PDB-6l82: Crystal structure of Chaetomium GCP5 N-terminus and Mozart1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l82
タイトルCrystal structure of Chaetomium GCP5 N-terminus and Mozart1
要素
  • Mozart1
  • Spindle pole body component
キーワードTRANSLATION / gamma tubulin complex / microprotein / microtubule
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / mitotic spindle pole body / gamma-tubulin ring complex / interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / spindle pole body / mitotic spindle assembly ...microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / mitotic spindle pole body / gamma-tubulin ring complex / interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / spindle pole body / mitotic spindle assembly / spindle pole / spindle / microtubule / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gamma-tubulin complex subunit Mod21 / Gamma-Tubulin ring complex non-core subunit mod21, N-terminal / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitotic-spindle organizing protein 1 / Spindle pole body component
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24103629119 Å
データ登録者Huang, T.L. / Wang, H.J. / Wang, S.W. / Hsia, K.C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Promiscuous Binding of Microprotein Mozart1 to gamma-Tubulin Complex Mediates Specific Subcellular Targeting to Control Microtubule Array Formation.
著者: Huang, T.L. / Wang, H.J. / Chang, Y.C. / Wang, S.W. / Hsia, K.C.
履歴
登録2019年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindle pole body component
B: Mozart1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6982
ポリマ－21,6982
非ポリマー00
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area9510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.760, 101.878, 51.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Spindle pole body component / GCP5


分子量: 12204.667 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminus / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0065630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGA5
#2: タンパク質 Mozart1


分子量: 9492.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0002490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZC6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1% tryptone, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 0.001 M sodium azide, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 77073 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 32.8744335331 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Num. unique obs: 10652 / CC1/2: 0.923

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L7R

6l7r


解像度: 2.24103629119→19.9026490275 Å / SU ML: 0.244501859732 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3718047686 / 位相誤差: 27.2376552466
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263086874985 1065 10.0037572797 %
Rwork0.210578985064 --
obs0.21587415806 10646 97.1971149457 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.6940107881 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24103629119→19.9026490275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1302 0 0 9 1311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01000533872481313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9731385539731775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451294982777216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058349999552234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6197625482812
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.34290.2807206146161130.2188247394271018X-RAY DIFFRACTION83.407079646
2.3429-2.46620.2954206623711290.2176758087631156X-RAY DIFFRACTION95.3971789161
2.4662-2.62040.24985682591320.2118526010441193X-RAY DIFFRACTION99.0284005979
2.6204-2.82220.2686972744181350.2295410209171210X-RAY DIFFRACTION99.9257057949
2.8222-3.10520.2950732481161350.2251166617031225X-RAY DIFFRACTION99.8531571219
3.1052-3.55240.2930772598181360.2156568394281227X-RAY DIFFRACTION100
3.5524-4.46720.2353281384191390.1935058293451246X-RAY DIFFRACTION100
4.4672-100.2494716514951460.2075043851831306X-RAY DIFFRACTION99.7252747253
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.59473814634 Å / Origin y: 17.0808025721 Å / Origin z: -0.935803772826 Å
111213212223313233
T0.231645082151 Å20.00941076242669 Å2-0.00336487468522 Å2-0.208873225176 Å2-0.00660035683952 Å2--0.172872782453 Å2
L3.32530771296 °2-0.00487280424434 °2-0.47015065785 °2-1.01361511011 °20.0676976204989 °2--1.90493195881 °2
S-0.0869927870537 Å °-0.134674529725 Å °0.0114977981946 Å °0.0300881328803 Å °-0.0527852425354 Å °-0.0338512894603 Å °-0.00163585983604 Å °-0.117511908662 Å °0.134926867601 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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