+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l7m | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Characterization and structural analysis of a thermostable zearalenone-degrading enzyme | ||||||
要素 | AB hydrolase-1 domain-containing protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / mycotoxin / ZEN-degrading enzyme ZhdF / thermostablity | ||||||
機能・相同性 | alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / AB hydrolase-1 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Monosporascus sp. MG133 (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wei, X.H. / Meng, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be published タイトル: Characterization and structural analysis of a thermostable zearalenone-degrading enzyme 著者: Wei, X.H. / Meng, G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l7m.cif.gz | 226.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6l7m.ent.gz | 181.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l7m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6l7m_validation.pdf.gz | 463.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6l7m_full_validation.pdf.gz | 510.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6l7m_validation.xml.gz | 51.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6l7m_validation.cif.gz | 70.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5xo6S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29807.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Monosporascus sp. MG133 (菌類) / 遺伝子: DL767_010056 / 発現宿主: Escherichia coli 042 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Q4UBE4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.65 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 3350 and 0.2 M Potassium fluoride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月16日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 57727 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 20.93 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.268 / Χ2: 1.01 / Net I/av σ(I): 12.8 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 4442 / Rpim(I) all: 0.657 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5XO6 解像度: 2.4→49.794 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 0.001 / SU ML: 0 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.272 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.931 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.794 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|