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- PDB-6l7m: Characterization and structural analysis of a thermostable zearal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l7m
タイトルCharacterization and structural analysis of a thermostable zearalenone-degrading enzyme
要素AB hydrolase-1 domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / mycotoxin / ZEN-degrading enzyme ZhdF / thermostablity
機能・相同性alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / AB hydrolase-1 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Monosporascus sp. MG133 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wei, X.H. / Meng, G.
引用ジャーナル: To Be published
タイトル: Characterization and structural analysis of a thermostable zearalenone-degrading enzyme
著者: Wei, X.H. / Meng, G.
履歴
登録2019年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AB hydrolase-1 domain-containing protein
B: AB hydrolase-1 domain-containing protein
C: AB hydrolase-1 domain-containing protein
D: AB hydrolase-1 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2284
ポリマ－119,2284
非ポリマー00
水10,431579
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.010, 116.320, 130.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
AB hydrolase-1 domain-containing protein / ZhdF


分子量: 29807.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Monosporascus sp. MG133 (菌類) / 遺伝子: DL767_010056 / 発現宿主: Escherichia coli 042 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Q4UBE4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.65 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 3350 and 0.2 M Potassium fluoride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月16日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 57727 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 20.93 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.268 / Χ2: 1.01 / Net I/av σ(I): 12.8 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 4442 / Rpim(I) all: 0.657 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACccp4 7.0.077精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XO6

5xo6


解像度: 2.4→49.794 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 0.001 / SU ML: 0 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.272 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2753 2975 5.162 %
Rwork0.2483 --
all0.25 --
obs-57634 99.913 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.931 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.067 Å20 Å20 Å2
2--0.937 Å2-0 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.794 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8368 0 0 579 8947
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.4620.3212240.2423982X-RAY DIFFRACTION100
2.462-2.5290.3042120.2433888X-RAY DIFFRACTION100
2.529-2.6030.2492020.233769X-RAY DIFFRACTION100
2.603-2.6820.2791980.2323653X-RAY DIFFRACTION99.974
2.682-2.770.2811600.2343629X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.8670.2911860.2443436X-RAY DIFFRACTION99.9724
2.867-2.9750.311980.2473316X-RAY DIFFRACTION99.9715
2.975-3.0960.2871770.2563228X-RAY DIFFRACTION99.9706
3.096-3.2330.3131520.2473110X-RAY DIFFRACTION99.9694
3.233-3.390.2541610.2492924X-RAY DIFFRACTION99.9676
3.39-3.5730.2861440.2522845X-RAY DIFFRACTION99.9666
3.573-3.7880.2651480.2422662X-RAY DIFFRACTION100
3.788-4.0480.2761510.2422530X-RAY DIFFRACTION100
4.048-4.370.231300.2262362X-RAY DIFFRACTION100
4.37-4.7830.2191310.232154X-RAY DIFFRACTION100
4.783-5.3420.2461290.2531964X-RAY DIFFRACTION100
5.342-6.1570.285840.311775X-RAY DIFFRACTION100
6.157-7.5120.327850.3181510X-RAY DIFFRACTION100
7.512-10.5060.255710.2461199X-RAY DIFFRACTION99.9213
10.506-49.7930.355320.331711X-RAY DIFFRACTION95.7474

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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