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万見
- PDB-6l6o: Crystal structure of stabilized Rab5a GTPase domain from Leishman... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l6o
タイトルCrystal structure of stabilized Rab5a GTPase domain from Leishmania donovani
要素Rab5a
キーワードENDOCYTOSIS / Intracellular trafficking / GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle-mediated transport / endosome / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase ...: / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Rab5a
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Arora, A. / Zohib, M. / Biswal, B.K. / Maheshwari, D. / Pal, R.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)MLP007 インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the GDP-bound GTPase domain of Rab5a from Leishmania donovani.
著者: Zohib, M. / Maheshwari, D. / Pal, R.K. / Freitag-Pohl, S. / Biswal, B.K. / Pohl, E. / Arora, A.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab5a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0015
ポリマ－19,3821
非ポリマー6194
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Size exclusion chromatography purification was done using Superdex-75 10/300GL column (GE Healthcare, Chicago, IL)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.018, 58.018, 103.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Rab5a


分子量: 19382.002 Da / 分子数: 1 / 変異: P58D, P59G, Q92L, C107S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residue 60-79 deletion
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
遺伝子: Rab5a / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A109NYM0

-
非ポリマー , 5種, 128分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris HCl, pH 8.5 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35 Å / Num. obs: 19056 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.315 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 287720
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.868.80.74817010.9090.2230.7841.03489.7
1.86-1.9413.10.5718800.9880.1530.5911.199.8
1.94-2.0314.90.43118810.9810.1130.4461.178100
2.03-2.1314.90.31518940.9890.0830.3261.224100
2.13-2.27150.22418890.9930.0590.2311.271100
2.27-2.4415.40.14219220.9980.0370.1471.29100
2.44-2.6916.20.10419230.9980.0260.1071.354100
2.69-3.0817.10.06719310.9990.0170.0691.39100
3.08-3.8817.70.038196710.0090.0391.564100
3.88-35170.027206810.0070.0271.4699.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HEI

2hei


解像度: 1.8→24.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.151 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2031 938 4.9 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.1669 18075 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.71 Å2 / Biso mean: 35.103 Å2 / Biso min: 21.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20.35 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----2.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→24.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1266 0 39 124 1429
Biso mean--37.66 43.39 -
残基数----165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0131344
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1461.6651827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5371.5872940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6585173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.02422.30865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27115233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.764159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02285
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 55 -
Rwork0.374 1134 -
all-1189 -
obs--85.66 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.061 Å / Origin y: 20.903 Å / Origin z: -13.316 Å
111213212223313233
T0.0227 Å20.0131 Å20.012 Å2-0.12 Å2-0.0061 Å2--0.032 Å2
L0.4433 °20.0042 °2-0.5223 °2-0.4654 °20.2046 °2--1.0121 °2
S-0.0259 Å °-0.1163 Å °0.0649 Å °-0.029 Å °0.0093 Å °0.0454 Å °0.0942 Å °0.144 Å °0.0166 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 175
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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