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- PDB-6l6l: Structural basis of NR4A2 homodimers binding to selective Nur-res... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l6l
タイトルStructural basis of NR4A2 homodimers binding to selective Nur-responsive elements
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*T)-3')
  • Nuclear receptor related 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NR4A2/Nurr1 / nuclear receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


general adaptation syndrome / habenula development / central nervous system neuron differentiation / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / central nervous system projection neuron axonogenesis / regulation of dopamine metabolic process / : / midbrain dopaminergic neuron differentiation / nuclear glucocorticoid receptor binding / regulation of respiratory gaseous exchange ...general adaptation syndrome / habenula development / central nervous system neuron differentiation / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / central nervous system projection neuron axonogenesis / regulation of dopamine metabolic process / : / midbrain dopaminergic neuron differentiation / nuclear glucocorticoid receptor binding / regulation of respiratory gaseous exchange / dopaminergic neuron differentiation / neuron maturation / dopamine biosynthetic process / positive regulation of catalytic activity / fat cell differentiation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / response to amphetamine / adult locomotory behavior / post-embryonic development / neuron migration / SUMOylation of intracellular receptors / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Orphan nuclear receptor, NURR type / Orphan nuclear receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Orphan nuclear receptor, NURR type / Orphan nuclear receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 / Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.781 Å
データ登録者Jiang, L. / Chen, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81372904 and 81570537 中国
National Natural Science Foundation of China81272971 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of binding of homodimers of the nuclear receptor NR4A2 to selective Nur-responsive DNA elements.
著者: Jiang, L. / Dai, S. / Li, J. / Liang, X. / Qu, L. / Chen, X. / Guo, M. / Chen, Z. / Chen, L. / Wei, H. / Chen, Y.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor related 1
B: Nuclear receptor related 1
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5388
ポリマ－32,2764
非ポリマー2624
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area15200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.405, 64.315, 60.776
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 263 through 340 or (resid 341...
21(chain B and resid 263 through 345)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSGLYGLY(chain A and (resid 263 through 340 or (resid 341...AA263 - 3402 - 79
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 263 through 340 or (resid 341...AA34180
13LEULEUPROPRO(chain A and (resid 263 through 340 or (resid 341...AA262 - 3461 - 85
14LEULEUPROPRO(chain A and (resid 263 through 340 or (resid 341...AA262 - 3461 - 85
15LEULEUPROPRO(chain A and (resid 263 through 340 or (resid 341...AA262 - 3461 - 85
16LEULEUPROPRO(chain A and (resid 263 through 340 or (resid 341...AA262 - 3461 - 85
21CYSCYSLEULEU(chain B and resid 263 through 345)BB263 - 3452 - 84

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor related 1 / Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 isoform 1


分子量: 9696.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1D8N6, UniProt: P43354*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*T)-3')


分子量: 6455.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*T)-3')


分子量: 6428.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM Na acetate (pH 4.7), 200 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 5 mM Li2SO4, 5 mM DTT, and 15-19% PEG4K (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.781→35.23 Å / Num. obs: 8163 / % possible obs: 98.67 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1162 / Rrim(I) all: 0.1384 / Net I/σ(I): 6.69
反射 シェル解像度: 2.781→2.88 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.3742 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique obs: 737 / CC1/2: 0.885 / % possible all: 89.99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1cit

1cit


解像度: 2.781→35.226 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 809 9.98 %
Rwork0.2163 --
obs0.2199 8109 98.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.04 Å2 / Biso mean: 41.6697 Å2 / Biso min: 3.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.781→35.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1319 858 4 24 2205
Biso mean--31.05 20.53 -
残基数----211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7513258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6791248
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A776X-RAY DIFFRACTION8.789TORSIONAL
12B776X-RAY DIFFRACTION8.789TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.781-2.95510.37261270.304115894
2.9551-3.18320.33751370.3021121899
3.1832-3.50320.29331310.2477119597
3.5032-4.00960.23431360.20671217100
4.0096-5.04930.22851380.18921250100
5.0493-35.2260.18811400.1643126299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.595-0.16730.1430.58860.18831.33610.28920.1846-0.2180.04070.01740.11670.3731-0.434-0.07130.39650.0197-0.03120.41920.00120.3347-18.9241-21.4514-19.901
24.1997-1.05730.30171.0263-0.82880.78690.12670.67210.6578-0.45930.07440.2642-0.11670.00110.05970.5623-0.1169-0.13050.3376-0.09270.3466-7.3581-13.2077-11.5231
30.5797-0.34640.32010.9265-0.28851.6156-0.0805-0.1501-0.9314-0.1350.3077-0.0541-0.003-0.2105-0.09690.39920.0041-0.10630.22550.00390.3683-8.4224-28.2917-10.1831
41.16280.26351.93120.05780.41523.24630.3190.51280.1670.730.1713-0.62520.48121.2694-0.08530.41630.0212-0.13880.29540.01180.4796-8.4666-21.6924-17.1037
54.0415-1.9832-0.33572.777-0.99290.71780.21120.08251.4772-0.4586-0.107-0.9127-0.82591.07550.04270.7717-0.0244-0.06210.3994-0.00560.461-16.6166-9.5162-24.671
61.84550.01720.50640.25381.14825.1147-0.2088-0.64030.5957-0.5330.28910.60430.0449-0.6248-0.02620.68820.0678-0.22460.52120.05170.9174-27.193-7.5575-26.6689
71.3001-0.21961.31281.9426-0.90881.5381-0.21320.10550.7435-0.0199-0.1615-0.5446-0.02790.0937-0.04180.50140.113-0.09430.39-0.06060.5144-3.1405-1.45115.0908
80.69750.1431-0.71670.18730.01120.9875-0.2184-0.02870.39050.9326-0.1844-0.3329-0.3920.0204-0.18770.5838-0.0166-0.18630.3343-0.06060.43451.9021-8.0216.7738
91.20840.27320.99112.60771.24361.4385-0.05950.0652-0.12341.2155-0.0950.22990.6594-0.1375-0.10420.31630.0305-0.10520.38270.00780.3825-3.2208-14.90519.4491
101.26751.6903-0.81763.0573-2.98038.3081-0.1321-0.1894-0.43230.0283-0.2117-0.89280.41410.0069-0.07130.4848-0.0229-0.08720.46090.03510.2921-1.5447-15.4736-2.0423
111.2391-0.1729-1.15860.01740.15241.08590.1992-0.19070.6535-0.06280.21880.3014-0.44090.66230.42130.8229-0.314-0.0836-0.14670.37490.5256-2.5703-3.3699-7.8161
121.9495-1.3650.29231.92411.31015.02680.61650.36230.4704-0.3041-0.2808-1.0047-0.85280.3242-0.11170.3584-0.06830.07520.39330.18150.7332-4.27760.98661.3115
131.0114-0.2266-1.75772.36312.86782.00080.1998-0.28760.1879-0.49480.24040.1021-0.6951-1.28231.0360.25360.0583-0.22120.4568-0.03090.6259-9.9577-1.82794.365
140.2986-0.30150.59120.4056-0.83481.7582-0.6450.0970.85120.3099-0.4484-0.3269-0.94570.677-0.20780.3378-0.0495-0.07530.3412-0.01140.40730.8279-6.81682.9872
158.01223.73342.00471.748-5.44661.9966-1.19960.1156-1.6271-0.4055-1.2306-0.3991.06091.0832-1.22670.2308-0.096-0.18880.38540.01270.4797.2427-13.80899.944
161.75170.55791.57810.47070.63223.16590.16430.8787-0.12460.98320.8869-0.035-0.07830.53580.00910.78350.1572-0.04280.4978-0.01040.64433.7785-24.075317.5592
17-0.02770.33670.29350.71720.15611.36430.1117-0.0918-0.2792-0.09540.05120.10730.0934-0.7537-0.05150.43960.0427-0.13420.6764-0.02080.4529-23.4788-16.3732-7.4603
181.6895-1.17650.77581.5847-1.42261.3412-0.3447-0.3474-0.58371.37620.0509-0.2908-0.65940.3401-0.14240.6156-0.0586-0.14140.55210.03240.4894-7.8538-17.128524.4926
193.96841.37340.90342.2998-1.642.25390.3126-0.96750.5760.7346-0.2514-0.1378-0.3847-1.352-0.02070.7897-0.0042-0.23880.5759-0.08760.51780.6884-14.384724.1878
201.1362-0.3867-0.36310.321-0.00141.33620.0819-0.45010.0290.29490.21410.13780.1648-1.0002-0.04580.529-0.0947-0.13320.5610.06260.4518-22.7273-17.4975-1.1829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 262 through 293 )A262 - 293
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 294 through 298 )A294 - 298
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 299 through 315 )A299 - 315
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 316 through 326 )A316 - 326
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 327 through 338 )A327 - 338
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 339 through 346 )A339 - 346
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 262 through 271 )B262 - 271
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 272 through 280 )B272 - 280
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 281 through 293 )B281 - 293
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 294 through 298 )B294 - 298
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 299 through 303 )B299 - 303
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 304 through 308 )B304 - 308
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 309 through 315 )B309 - 315
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 316 through 326 )B316 - 326
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 327 through 332 )B327 - 332
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 333 through 345 )B333 - 345
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1 through 15 )C1 - 15
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 16 through 21 )C16 - 21
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 6 through 21 )D6 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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