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- PDB-6l6g: Crystal structure of SeMet_Lpg0189 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l6g
タイトルCrystal structure of SeMet_Lpg0189
要素Uncharacterized protein Lpg0189
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Lpg0189 / Legionella pneumophila / novel fold / T2SS effector
機能・相同性: / T2SS substrate NttE / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Ge, H. / Chen, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31970103 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a hypothetical T2SS effector Lpg0189 from Legionella pneumophila reveals a novel protein fold.
著者: Chen, X. / Liu, S. / Jiang, S. / Zhang, X. / Zhang, N. / Ma, J. / Ge, H.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Lpg0189
B: Uncharacterized protein Lpg0189
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5093
ポリマ－63,4162
非ポリマー921
水8,035446
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.685, 121.685, 104.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-491-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 25 through 93 or resid 95...
21(chain B and (resid 25 through 93 or resid 95...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRSERSER(chain A and (resid 25 through 93 or resid 95...AA25 - 936 - 74
12LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 25 through 93 or resid 95...AA95 - 10176 - 82
13TYRTYRLYSLYS(chain A and (resid 25 through 93 or resid 95...AA103 - 14184 - 122
14THRTHRLEULEU(chain A and (resid 25 through 93 or resid 95...AA25 - 2886 - 269
15ILEILELEULEU(chain A and (resid 25 through 93 or resid 95...AA223 - 243204 - 224
16ALAALAVALVAL(chain A and (resid 25 through 93 or resid 95...AA245 - 258226 - 239
17ASNASNPROPRO(chain A and (resid 25 through 93 or resid 95...AA261 - 283242 - 264
18LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 25 through 93 or resid 95...AA285 - 288266 - 269
21THRTHRSERSER(chain B and (resid 25 through 93 or resid 95...BB25 - 936 - 74
22LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 25 through 93 or resid 95...BB95 - 10176 - 82
23TYRTYRLYSLYS(chain B and (resid 25 through 93 or resid 95...BB103 - 14184 - 122
24ALAALAVALVAL(chain B and (resid 25 through 93 or resid 95...BB245 - 258226 - 239
25ALAALAVALVAL(chain B and (resid 25 through 93 or resid 95...BB245 - 258226 - 239
26ASNASNPROPRO(chain B and (resid 25 through 93 or resid 95...BB261 - 283242 - 264
27LYSLYSLEULEU(chain B and (resid 25 through 93 or resid 95...BB285 - 288266 - 269

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Lpg0189


分子量: 31708.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
遺伝子: lpg0189 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZZ22
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.04 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.8M Ammonium citrate dibasic, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 62484 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 33.3
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / Num. unique obs: 6156 / CC1/2: 0.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.98→46.774 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 2712 5.07 %
Rwork0.1747 50759 -
obs0.1767 53471 85.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.68 Å2 / Biso mean: 39.0854 Å2 / Biso min: 12.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→46.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4344 0 6 446 4796
Biso mean--51.55 44.82 -
残基数----528
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1460X-RAY DIFFRACTION4.27TORSIONAL
12B1460X-RAY DIFFRACTION4.27TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.98-2.01570.2616530.2259113237
2.0157-2.05450.3079620.2245130042
2.0545-2.09640.2883770.2159149348
2.0964-2.1420.2276860.2131184159
2.142-2.19180.28671380.2184215370
2.1918-2.24670.28591390.2362244680
2.2467-2.30740.2921460.2278278590
2.3074-2.37530.24381700.2126309599
2.3753-2.4520.26481710.2093099100
2.452-2.53960.25961840.20713073100
2.5396-2.64130.25331670.20143103100
2.6413-2.76140.26141490.1963117100
2.7614-2.9070.19571650.19083127100
2.907-3.08910.22711770.17463103100
3.0891-3.32760.19981770.16683105100
3.3276-3.66230.19111760.15433136100
3.6623-4.1920.1731700.13893161100
4.192-5.28030.15231560.12943188100
5.2803-46.7740.22661490.1723330299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44890.0924-0.06340.35230.34120.36960.2258-0.0058-0.01030.2021-0.24720.07260.3608-0.75360.08410.0777-0.3696-0.11220.54880.02060.233912.8907-66.74641.8247
21.3171-0.0507-0.28181.3985-0.05631.98560.2108-0.52840.14690.2128-0.04720.1535-0.5682-0.8527-0.04820.2790.0620.04170.5916-0.10140.24918.301-45.972616.1079
30.63460.07540.43110.37980.41641.533-0.3588-0.07040.12110.22170.03160.0456-0.2738-0.13370.12780.5859-0.0611-0.02750.3038-0.03560.271843.2753-36.35629.8571
40.2442-0.00170.06920.1521-0.00011.06160.06730.14030.05970.03250.0763-0.1311-0.37550.6160.00440.168-0.223-0.01310.4067-0.07120.207752.6762-45.093716.4533
50.56980.1380.20150.37640.3561.802-0.0035-0.14390.1231-0.01550.07950.113-0.8471-0.2640.11880.2841-0.001-0.01260.1557-0.06330.219631.8213-42.30761.1233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 25 through 169 )B25 - 169
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 170 through 288 )B170 - 288
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 55 )A25 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 56 through 147 )A56 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 148 through 288 )A148 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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