PDB-6l6b: X-ray structure of human galectin-10 in complex with L-fucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l6b

タイトル

X-ray structure of human galectin-10 in complex with L-fucose

要素

Galectin-10

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-sandwich structure / lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / : / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.802 Å

データ登録者

Kamitori, S.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structures of human galectin-10/monosaccharide complexes demonstrate potential of monosaccharides as effectors in forming Charcot-Leyden crystals.
著者: Itoh, A. / Nonaka, Y. / Nakakita, S.I. / Yoshida, H. / Nishi, N. / Nakamura, T. / Kamitori, S.

履歴

登録	2019年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l6b.cif.gz	48.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l6b.ent.gz	30.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l6b_validation.pdf.gz	774.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l6b_full_validation.pdf.gz	774.6 KB	表示
XML形式データ	6l6b_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	6l6b_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l6b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l64C 6l67C 6l68C 6l6aC 6l6cC 6l6dC 1qkqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l6a-1 6l67-1 5xro-1 5xrg-1 6a1t-1 6hjm-10 4gc2-1 6a1v-1 6m2a-d 5xrh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-10

ヘテロ分子

16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galectin-10

ヘテロ分子

A: Galectin-10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
33.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.820, 48.820, 261.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-351- HOH
2	1	A-362- HOH

#1: タンパク質

Galectin-10 / Gal-10 / Charcot-Leyden crystal protein / CLC / Eosinophil lysophospholipase / Lysolecithin acylhydrolase

分子量: 16644.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLC, LGALS10, LGALS10A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05315

#2: 糖

ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10 % (v/v) 1,4-dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→19.55 Å / Num. obs: 18129 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 18.6 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / Num. unique obs: 1223 / CC_1/2: 0.977

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QKQ

1qkq

解像度: 1.802→19.546 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 2.71 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2553	926	5.108 %
R_work	0.2126	-	-
all	0.215	-	-
obs	-	18129	99.544 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.868 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.046 Å²	0.023 Å²	0 Å²
2-	-	0.046 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.148 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.802→19.546 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1159	0	11	74	1244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.419	1.661	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.21	1.584	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.106	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.19	22.5	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.607	15	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.101	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.171	0.15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.162	0.15	986
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.15	549
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.15	578
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.098	0.15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.982	1.64	567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.982	1.637	566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.595	2.448	707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.594	2.451	708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.484	1.848	631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.483	1.848	631
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.396	2.687	914
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.394	2.688	915
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.625	18.592	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.617	18.473	1231

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.802-1.848	0.365	58	0.312	1165	0.315	1277	0.807	0.854	95.7713	0.249
1.848-1.898	0.329	70	0.238	1190	0.243	1260	0.878	0.906	100	0.214
1.898-1.953	0.241	70	0.209	1173	0.211	1243	0.932	0.93	100	0.186
1.953-2.012	0.292	59	0.209	1110	0.213	1169	0.897	0.925	100	0.187
2.012-2.077	0.253	50	0.206	1110	0.208	1160	0.911	0.937	100	0.187
2.077-2.149	0.233	70	0.198	1064	0.2	1134	0.937	0.944	100	0.184
2.149-2.229	0.248	59	0.211	1058	0.213	1117	0.928	0.937	100	0.196
2.229-2.319	0.306	50	0.211	985	0.216	1035	0.885	0.92	100	0.198
2.319-2.421	0.299	49	0.219	968	0.222	1017	0.884	0.914	100	0.203
2.421-2.537	0.267	45	0.199	927	0.202	972	0.91	0.942	100	0.187
2.537-2.672	0.274	48	0.214	891	0.217	939	0.921	0.932	100	0.202
2.672-2.83	0.299	46	0.215	845	0.219	891	0.919	0.934	100	0.212
2.83-3.021	0.249	41	0.229	810	0.23	851	0.918	0.93	100	0.225
3.021-3.257	0.29	40	0.215	759	0.218	799	0.923	0.934	100	0.218
3.257-3.558	0.238	43	0.212	684	0.213	727	0.947	0.949	100	0.221
3.558-3.962	0.221	29	0.198	641	0.199	671	0.949	0.948	99.851	0.211
3.962-4.543	0.198	27	0.184	591	0.184	618	0.969	0.967	100	0.203
4.543-5.491	0.166	29	0.207	518	0.205	547	0.973	0.968	100	0.223
5.491-7.476	0.252	20	0.224	422	0.225	442	0.941	0.953	100	0.234
7.476-19.546	0.248	23	0.236	292	0.237	315	0.961	0.963	100	0.275

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