PDB-6l6a: X-ray structure of human galectin-10 in complex with D-mannose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l6a

タイトル

X-ray structure of human galectin-10 in complex with D-mannose

要素

Galectin-10

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-sandwich structure / lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / carbohydrate binding / : / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Kamitori, S.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structures of human galectin-10/monosaccharide complexes demonstrate potential of monosaccharides as effectors in forming Charcot-Leyden crystals.
著者: Itoh, A. / Nonaka, Y. / Nakakita, S.I. / Yoshida, H. / Nishi, N. / Nakamura, T. / Kamitori, S.

履歴

登録	2019年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l6a.cif.gz	48.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l6a.ent.gz	30.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l6a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l64C 6l67C 6l68C 6l6bC 6l6cC 6l6dC 1qkqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l67-1 6l6b-1 6l6d-1 5xro-1 5xrg-1 3m7j-2 5eji-d 6a1v-1 3nzn-d 3m7h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-10

ヘテロ分子

16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galectin-10

ヘテロ分子

A: Galectin-10

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
33.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.830, 48.830, 260.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-356- HOH
2	1	A-367- HOH

#1: タンパク質

Galectin-10 / Gal-10 / Charcot-Leyden crystal protein / CLC / Eosinophil lysophospholipase / Lysolecithin acylhydrolase

分子量: 16644.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLC, LGALS10, LGALS10A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05315

#2: 糖

ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10 % (v/v) 1,4-dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→19.34 Å / Num. obs: 17615 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 19.2 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 1.81→1.86 Å / Num. unique obs: 1196 / CC_1/2: 0.918

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QKQ

1qkq

解像度: 1.81→19.338 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 2.19 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2222	908	5.155 %
R_work	0.1886	-	-
all	0.19	-	-
obs	-	17615	98.041 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.726 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.004 Å²	-0.002 Å²	0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.012 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→19.338 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1159	0	12	85	1256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.442	1.662	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.271	1.584	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.076	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.9	22.5	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.198	15	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.579	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.15	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.15	954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.15	547
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.15	574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.092	0.15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.126	0.15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.07	1.572	567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.071	1.569	566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.712	2.343	707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.711	2.346	708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.986	1.862	632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.986	1.862	632
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.121	2.681	915
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.119	2.683	916
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.193	17.841	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.162	17.725	1216

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.81-1.857	0.334	58	0.281	1113	0.283	1250	0.895	0.902	93.68	0.216
1.857-1.907	0.205	72	0.205	1130	0.205	1241	0.936	0.936	96.8574	0.174
1.907-1.962	0.302	48	0.187	1143	0.191	1226	0.898	0.937	97.1452	0.156
1.962-2.022	0.225	67	0.19	1081	0.192	1181	0.94	0.944	97.2058	0.163
2.022-2.087	0.207	53	0.171	1050	0.173	1133	0.952	0.961	97.3522	0.149
2.087-2.159	0.171	59	0.162	1026	0.162	1109	0.969	0.966	97.8359	0.144
2.159-2.24	0.228	51	0.186	1018	0.188	1089	0.937	0.958	98.1635	0.164
2.24-2.33	0.22	57	0.18	960	0.182	1034	0.952	0.956	98.3559	0.162
2.33-2.432	0.235	45	0.186	949	0.188	1009	0.946	0.954	98.5134	0.164
2.432-2.549	0.256	46	0.194	903	0.196	959	0.921	0.949	98.9572	0.177
2.549-2.684	0.248	55	0.195	857	0.199	920	0.937	0.948	99.1304	0.178
2.684-2.843	0.252	39	0.188	836	0.191	882	0.942	0.957	99.2063	0.178
2.843-3.035	0.229	48	0.209	790	0.21	840	0.947	0.947	99.7619	0.2
3.035-3.272	0.211	47	0.209	732	0.21	781	0.955	0.954	99.7439	0.209
3.272-3.574	0.252	31	0.188	690	0.19	722	0.938	0.964	99.8615	0.193
3.574-3.978	0.186	35	0.186	632	0.186	668	0.966	0.965	99.8503	0.197
3.978-4.562	0.154	31	0.15	575	0.15	606	0.983	0.982	100	0.167
4.562-5.511	0.221	24	0.169	516	0.171	540	0.961	0.978	100	0.19
5.511-7.495	0.251	20	0.21	415	0.212	435	0.947	0.965	100	0.221
7.495-19.338	0.237	22	0.206	291	0.208	313	0.963	0.969	100	0.235

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関連情報:EMDBヘッダ

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