PDB-6l67: X-ray structure of human galectin-10 in complex with D-galactose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l67

タイトル

X-ray structure of human galectin-10 in complex with D-galactose

要素

Galectin-10

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-sandwich structure / lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / carbohydrate binding / extracellular matrix / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Kamitori, S.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structures of human galectin-10/monosaccharide complexes demonstrate potential of monosaccharides as effectors in forming Charcot-Leyden crystals.
著者: Itoh, A. / Nonaka, Y. / Nakakita, S.I. / Yoshida, H. / Nishi, N. / Nakamura, T. / Kamitori, S.

履歴

登録	2019年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l67.cif.gz	47.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l67.ent.gz	30.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l67	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l64C 6l68C 6l6aC 6l6bC 6l6cC 6l6dC 1qkqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xro-1 6l6a-1 6l6b-1 6a1t-1 5xrg-1 6a1v-1 5xrm-1 6l6d-1 2qom-2 5xrh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-10

ヘテロ分子

17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galectin-10

ヘテロ分子

A: Galectin-10

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
34 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.660, 48.660, 259.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-310- HOH
2	1	A-339- HOH

#1: タンパク質

Galectin-10 / Gal-10 / Charcot-Leyden crystal protein / CLC / Eosinophil lysophospholipase / Lysolecithin acylhydrolase

分子量: 16644.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLC, LGALS10, LGALS10A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05315

#2: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10 % (v/v) 1,4-dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→19.53 Å / Num. obs: 13537 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 20.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.97→2.02 Å / Num. unique obs: 948 / CC_1/2: 0.916

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QKQ

1qkq

解像度: 1.97→19.526 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 3.664 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2248	668	4.935 %
R_work	0.195	-	-
all	0.196	-	-
obs	-	13537	97.095 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.772 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.102 Å²	-0.051 Å²	0 Å²
2-	-	-0.102 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.332 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→19.526 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1151	0	24	43	1218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.676	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.161	1.596	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.527	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.879	22.5	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.925	15	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.54	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.167	0.15	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.159	0.15	970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.15	548
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.15	559
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.724	2.518	563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.719	2.506	562
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.714	3.746	702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.713	3.76	703
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.487	2.883	640
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.477	2.884	640
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.923	4.202	927
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.923	4.203	928
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.417	27.923	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.42	27.923	1207

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.97-2.021	0.253	47	0.26	907	0.26	1003	0.903	0.871	95.1147	0.214
2.021-2.075	0.295	49	0.231	835	0.234	929	0.856	0.896	95.1561	0.191
2.075-2.135	0.263	56	0.212	843	0.215	939	0.902	0.917	95.7402	0.169
2.135-2.2	0.268	48	0.223	831	0.225	919	0.913	0.921	95.6474	0.188
2.2-2.271	0.219	40	0.211	810	0.212	881	0.934	0.929	96.4813	0.168
2.271-2.349	0.214	46	0.202	782	0.202	859	0.945	0.934	96.3912	0.16
2.349-2.437	0.224	38	0.213	788	0.214	854	0.947	0.936	96.7213	0.172
2.437-2.535	0.224	27	0.189	741	0.191	790	0.948	0.949	97.2152	0.159
2.535-2.645	0.185	45	0.207	699	0.205	765	0.957	0.941	97.2549	0.171
2.645-2.772	0.24	29	0.195	697	0.197	743	0.942	0.95	97.712	0.167
2.772-2.919	0.29	33	0.196	674	0.199	722	0.896	0.944	97.9224	0.168
2.919-3.091	0.247	33	0.214	631	0.216	678	0.921	0.936	97.9351	0.186
3.091-3.299	0.259	33	0.2	609	0.203	649	0.925	0.94	98.9214	0.178
3.299-3.555	0.216	35	0.183	571	0.185	613	0.939	0.959	98.8581	0.167
3.555-3.881	0.164	23	0.168	531	0.167	559	0.963	0.968	99.1055	0.156
3.881-4.318	0.128	24	0.162	501	0.16	526	0.979	0.973	99.8099	0.154
4.318-4.946	0.214	21	0.149	460	0.151	483	0.958	0.98	99.5859	0.149
4.946-5.962	0.166	13	0.188	393	0.187	407	0.973	0.967	99.7543	0.181
5.962-8.065	0.347	19	0.215	331	0.22	352	0.913	0.958	99.4318	0.204
8.065-19.526	0.334	9	0.229	235	0.232	244	0.937	0.97	100	0.226

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