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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l66 | ||||||
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タイトル | Sirtuin 2 protein with H3K18 myristoylated peptide and intact NAD molecule | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / Sirtuin / myristoylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / cellular lipid catabolic process / negative regulation of striated muscle tissue development / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / cellular lipid catabolic process / negative regulation of striated muscle tissue development / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / tubulin deacetylation / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / peptidyl-lysine deacetylation / mitotic nuclear membrane reassembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / tubulin deacetylase activity / regulation of exit from mitosis / paranode region of axon / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / chromatin silencing complex / regulation of phosphorylation / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / protein deacetylation / NAD-dependent histone deacetylase activity / positive regulation of oocyte maturation / juxtaparanode region of axon / protein lysine deacetylase activity / meiotic spindle / response to redox state / regulation of myelination / histone acetyltransferase binding / histone deacetylase activity / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of execution phase of apoptosis / glial cell projection / positive regulation of cell division / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of DNA binding / heterochromatin / epigenetic regulation of gene expression / heterochromatin formation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cellular response to epinephrine stimulus / substantia nigra development / centriole / negative regulation of autophagy / meiotic cell cycle / ubiquitin binding / negative regulation of protein catabolic process / mitotic spindle / autophagy / histone deacetylase binding / spindle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / myelin sheath / chromosome / cellular response to oxidative stress / midbody / growth cone / cellular response to hypoxia / perikaryon / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / microtubule / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / cell division / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.169 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, L.F. | ||||||
資金援助 | 香港, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Sirtuin 2 protein with H3K18 myristoylated peptide 著者: Chen, L.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l66.cif.gz | 84.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l66.ent.gz | 59.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l66.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6l66_validation.pdf.gz | 961.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6l66_full_validation.pdf.gz | 969 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6l66_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6l66_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l66 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 34403.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2, SIR2L, SIR2L2 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 参照: UniProt: Q8IXJ6, protein acetyllysine N-acetyltransferase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 713.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 4種, 180分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#4: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#5: 化合物 | ChemComp-3LX / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES, pH 6.5, 6%-20% (w/v) PEG 10000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97906 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97906 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 17043 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.954 / Net I/σ(I): 5.67 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.21 Å / Num. unique obs: 615 / CC1/2: 0.761 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4X3P 解像度: 2.169→37.149 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.1
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.98 Å2 / Biso mean: 41.3592 Å2 / Biso min: 20.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.169→37.149 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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