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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l5v | ||||||
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タイトル | Carbonmonoxy human hemoglobin C in the R quaternary structure at 95 K: Light (2 min) | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin / Photolysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / regulation of blood pressure / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / platelet aggregation / oxygen binding / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Shibayama, N. / Park, S.Y. / Ohki, M. / Sato-Tomita, A. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Direct observation of ligand migration within human hemoglobin at work. 著者: Shibayama, N. / Sato-Tomita, A. / Ohki, M. / Ichiyanagi, K. / Park, S.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l5v.cif.gz | 134.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l5v.ent.gz | 103.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/6l5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/6l5v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6ka9C 6kaeC 6kahC 6kaiC 6kaoC 6kapC 6kaqC 6karC 6kasC 6katC 6kauC 6kavC 6l5wC 6l5xC 6l5yC 6lcwC 6lcxC 3s66S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 15890.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871 | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7.2 詳細: 0.528 M sodium dihydrogen phosphate, 1.122 M dipotassium hydrogen phosphate, 10%v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→18.91 Å / Num. obs: 50700 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 17.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 19.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3S66 解像度: 1.45→18.91 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.79
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.54 Å2 / Biso mean: 27.9434 Å2 / Biso min: 10.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→18.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 23.6506 Å / Origin y: -19.7633 Å / Origin z: 11.302 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |