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万見
- PDB-6l5k: ARF5 Aux/IAA17 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l5k
タイトルARF5 Aux/IAA17 Complex
要素
  • Auxin response factor 5
  • Auxin-responsive protein IAA17
キーワードTRANSCRIPTION / auxin / auxin response factor / AUX/IAA / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


meristem development / longitudinal axis specification / positive regulation of leaf senescence / xylem and phloem pattern formation / leaf vascular tissue pattern formation / root development / flower development / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy ...meristem development / longitudinal axis specification / positive regulation of leaf senescence / xylem and phloem pattern formation / leaf vascular tissue pattern formation / root development / flower development / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
AUX/IAA protein / Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain ...AUX/IAA protein / Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / PB1 domain profile. / PB1 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Auxin response factor 5 / Auxin-responsive protein IAA17
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Ryu, K.S. / Suh, J.Y. / Cha, S.Y. / Kim, Y.I. / Park, C.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Determinants of PB1 Domain Interactions in Auxin Response Factor ARF5 and Repressor IAA17.
著者: Kim, Y. / Park, C. / Cha, S. / Han, M. / Ryu, K.S. / Suh, J.Y.
履歴
登録2019年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Auxin response factor 5
B: Auxin-responsive protein IAA17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7412
ポリマ－23,7412
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.894, 79.894, 116.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Auxin response factor 5 / Auxin-responsive protein IAA24 / Transcription factor MONOPTEROS


分子量: 10971.138 Da / 分子数: 1 / 変異: A788G,K797D,C825S,C866S,C869S,D183N,D187N,C203A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ARF5, IAA24, MP, At1g19850, F6F9.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93024
#2: タンパク質 Auxin-responsive protein IAA17 / Auxin response 3 / Indoleacetic acid-induced protein 17


分子量: 12769.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: IAA17, AXR3, At1g04250, F19P19.31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93830
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8.5 / 詳細: Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 8612 / % possible obs: 97.99 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 66.36 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 43.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.01 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 8594 / CC1/2: 0.438

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4chk,2muk

4chk

2muk


解像度: 2.91→35.73 Å / SU ML: 0.5638 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 31.2326
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 860 10 %
Rwork0.2257 7736 -
obs0.2302 8596 98.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→35.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1381 0 0 15 1396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01061412
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15791908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0596206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.443839
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91-3.090.41341360.37521225X-RAY DIFFRACTION95.58
3.09-3.330.33721400.31981256X-RAY DIFFRACTION97.42
3.33-3.660.32311400.25651265X-RAY DIFFRACTION98.8
3.66-4.190.26541420.19741276X-RAY DIFFRACTION98.34
4.19-5.280.21361450.17171305X-RAY DIFFRACTION98.77
5.28-35.730.24011570.20611409X-RAY DIFFRACTION99.43
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.78094786882-0.5342046830722.063945731574.63001586971-1.492454856164.266812335450.115892814369-1.178153164780.1666074938350.6122367379311.540335246941.778249740040.0624558493516-2.607788506180.5921301744371.60180255362-0.0221454567638-0.2277607259240.866682628901-0.1606573464610.669987199664-18.7358452676-12.7344700375-19.4244655915
28.149601813371.638216047342.950814093651.550569782241.563298751547.952489493590.997518826816-1.01959087733-1.69032296186-0.431601686170.170043396919-0.3605519050251.54071537098-0.189128628151-0.154036808621.162359944990.302800283806-0.3265356569750.657165439634-0.1446151480130.477253970587-10.4269033153-9.46141839731-21.2149014707
32.273247225421.524736039941.066195372563.146736887273.483899644784.68490823076-0.77844719459-1.58828403955-1.538923597552.139762272221.38654660038-0.577220757788-0.3106491707940.215507198822-0.267979796961.22506430871-0.0850777196189-0.2874123730840.786924064050.1410882011260.456633946546-4.34150264251.60229781839-25.7928103962
44.47624170270.02050848167880.2100759924189.51048072884-1.206246921873.67516423640.207741437535-0.8337641519490.0158925925310.6299362653830.09927465263580.4396165767030.55196786838-0.186732205738-0.4951488050990.7081944635180.0123203540929-0.1295615338130.677494649321-0.05291630288610.361504901661-17.74363777880.4800582418-17.383855649
54.15251103264-1.422907153590.1957821956426.073049234741.947816454378.190149017280.456355845629-0.05275706965810.284022814094-0.526699049586-0.456779577466-0.629606018911-0.2005644848441.6876856956-0.2411436032120.972459673699-0.108990494902-0.0007628229228330.981276632525-0.1348394530170.33643554137-13.178034506212.5200638588-8.23521694897
65.419862145451.59710548907-5.233566005131.6782739536-1.335379203015.31521901631-1.186387400823.22695008794-0.386938573335-0.378070123793-1.44188222545-1.426096252550.05884178863591.29640731172-1.600803563150.6514627627280.01646767041190.9047822806510.6409199327630.7864193001921.24931924385-14.80713111723.5345546488-15.6727607158
76.56447110282-1.80484386994-1.323074063338.051779198950.7917764927442.20448590203-0.193599440478-1.043703847960.1090734275541.193062758250.3601558756370.654358416586-0.00225248098889-0.6933039106040.2914017798960.8464600841580.1025199827950.06808785199731.14667533689-0.3008985058520.523698475811-22.470112844115.2565417143-0.743797717395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 792 through 800 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 801 through 827 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 828 through 841 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 842 through 883 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 109 through 149 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 150 through 177 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 178 through 211 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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