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万見
- PDB-6l4j: Monomer structure of monellin loop1 mutant (YEPKG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l4j
タイトルMonomer structure of monellin loop1 mutant (YEPKG)
要素Single chain Monellin
キーワードPLANT PROTEIN / Single chain Monellin / Loop1 mutant
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Manjula, R. / Ramaswamy, S. / Gosavi, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Monomer structure of Loop1 mutant Monellin with YEPKG motif
著者: Manjula, R. / Gosavi, S.
履歴
登録2019年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single chain Monellin
B: Single chain Monellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3392
ポリマ－21,3392
非ポリマー00
水2,108117
1
A: Single chain Monellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6691
ポリマ－10,6691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Single chain Monellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6691
ポリマ－10,6691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.830, 64.250, 45.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 2 - 91 / Label seq-ID: 2 - 91

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Single chain Monellin


分子量: 10669.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The complete sequence of single chain Monellin has been deposited to NCBI with accession code ...The complete sequence of single chain Monellin has been deposited to NCBI with accession code AFF58925. Residues 48-57 YENEGFREIK have been replaced with YEPK.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M carboxylic acid, 0.1M Imidazole, MES monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5478 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5478 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.58 Å / Num. obs: 7502 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 22730 / Scaling rejects: 104
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.380.12223087690.9490.0830.1487100
8.91-36.580.0744261430.9710.0530.0911698.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O9A

2o9a


解像度: 2.3→36.579 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 22.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 385 5.14 %
Rwork0.1656 --
obs0.1691 7486 96.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.83 Å2 / Biso mean: 22.1933 Å2 / Biso min: 7.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→36.579 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1490 0 0 117 1607
Biso mean---26.62 -
残基数----180
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A548X-RAY DIFFRACTION10.224TORSIONAL
12B548X-RAY DIFFRACTION10.224TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3002-2.6330.27061420.19142432100
2.633-3.31690.271160.1845233095

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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