PDB-6l4g: Crystal structure of human NDRG3 I171M/S176H mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l4g

タイトル

Crystal structure of human NDRG3 I171M/S176H mutant

要素

Protein NDRG3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / alpha/beta-hydrolase fold / NDRG3 / Unfolded helix

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cell growth / spermatogenesis / cell differentiation / signal transduction / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.304 Å

データ登録者

Kim, K.R. / Han, B.W.

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Structural and Biophysical Analyses of Human N-Myc Downstream-Regulated Gene 3 (NDRG3) Protein.
著者: Kim, K.R. / Kim, K.A. / Park, J.S. / Jang, J.Y. / Choi, Y. / Lee, H.H. / Lee, D.C. / Park, K.C. / Yeom, Y.I. / Kim, H.J. / Han, B.W.

履歴

登録	2019年10月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_reflns_twin / Item: _pdbx_reflns_twin.diffrn_id
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l4g.cif.gz	121.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l4g.ent.gz	92.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l4g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l4g_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l4g_full_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示
XML形式データ	6l4g_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	6l4g_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/6l4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/6l4g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l4bSC 6l4hC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fek-d 4c9d-d 5gy7-d 6vnt-d 4dmo-d 6imp-d 6bq0-d 6nji-d 2odq-d 2hg1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein NDRG3

B: Protein NDRG3

83 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.387, 100.387, 111.756
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Protein NDRG3 / N-myc downstream-regulated gene 3 protein 分子量: 41518.688 Da / 分子数: 2 / 変異: I171M, S176H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDRG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UGV2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.17 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 200 mM ammonium citrate tribasic pH 7.0 and 20% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97942 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.4992
pseudo-merohedral	2	1	-K, -H, -L	2	0.5008

反射

解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 10073 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

解像度: 3.3→3.36 Å / R_merge(I) obs: 0.629 / Num. unique obs: 485

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6L4B

6l4b

解像度: 3.304→47.006 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.882 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2263	438	4.792 %
R_work	0.1961	-	-
all	0.198	-	-
obs	-	9141	90.05 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.694 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-8.694 Å²	-0 Å²
3-	-	-	17.389 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.304→47.006 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4344	0	0	6	4350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	4437
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	4040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.279	1.635	6033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.319	1.567	9424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.054	5	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.968	24.381	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.691	15	733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.386	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	585
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	832
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	4163
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.151	0.2	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.064	0.2	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.044	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.278	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.33	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.828	3.61	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.827	3.609	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.282	5.4	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.281	5.402	2789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.226	3.694	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.226	3.694	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.305	5.499	3245
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.305	5.5	3246
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.487	43.514	4922
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.487	43.526	4923

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.304-3.389	0.226	17	0.23	352	X-RAY DIFFRACTION	49.4638
3.389-3.481	0.328	29	0.222	402	X-RAY DIFFRACTION	59.4483
3.481-3.582	0.21	24	0.235	491	X-RAY DIFFRACTION	73.9943
3.582-3.692	0.34	26	0.2	539	X-RAY DIFFRACTION	84.4544
3.692-3.812	0.264	31	0.204	571	X-RAY DIFFRACTION	94.2097
3.812-3.945	0.336	26	0.25	623	X-RAY DIFFRACTION	99.2355
3.945-4.093	0.185	37	0.212	560	X-RAY DIFFRACTION	100
4.093-4.259	0.386	17	0.186	582	X-RAY DIFFRACTION	100
4.259-4.447	0.182	22	0.17	547	X-RAY DIFFRACTION	99.6497
4.447-4.662	0.167	22	0.139	522	X-RAY DIFFRACTION	99.8165
4.662-4.912	0.098	18	0.149	506	X-RAY DIFFRACTION	100
4.912-5.206	0.212	35	0.164	465	X-RAY DIFFRACTION	100
5.206-5.562	0.177	16	0.174	459	X-RAY DIFFRACTION	100
5.562-6.001	0.227	22	0.21	411	X-RAY DIFFRACTION	100
6.001-6.564	0.171	20	0.222	384	X-RAY DIFFRACTION	99.5074
6.564-7.323	0.225	13	0.195	352	X-RAY DIFFRACTION	100
7.323-8.426	0.186	14	0.191	318	X-RAY DIFFRACTION	100
8.426-10.248	0.208	23	0.154	273	X-RAY DIFFRACTION	100
10.248-14.197	0.217	16	0.164	208	X-RAY DIFFRACTION	97.3913
14.197-47.006	0.248	10	0.368	138	X-RAY DIFFRACTION	99.3289

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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