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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l3y | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falciparum complexed with L-lysine and Clado-C | ||||||
要素 | Lysine--tRNA ligase | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING/INHIBITOR / Inhibitor / Cladosporin analog / Stereochemistry / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / tRNA binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Babbar, P. / Sharma, A. / Mishra, S. / Manickam, Y. / Harlos, K. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021 タイトル: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falciparum complexed with L-lysine and Cladosporin inhibitor, Cla-B 著者: Babbar, P. / Sato, M. / Manickam, Y. / Mishra, S. / Harlos, K. / Gupta, S. / Parvez, S. / Kikuchi, H. / Sharma, A. #1: ジャーナル: J. Struct. Funct. Genomics / 年: 2014 タイトル: Structural basis of malaria parasite lysyl-tRNA synthetase inhibition by cladosporin. 著者: Khan, S. / Sharma, A. / Belrhali, H. / Yogavel, M. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l3y.cif.gz | 208.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l3y.ent.gz | 164.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l3y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6l3y_validation.pdf.gz | 937.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6l3y_full_validation.pdf.gz | 944.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6l3y_validation.xml.gz | 34.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6l3y_validation.cif.gz | 46.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/6l3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/6l3y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58706.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1350100 / プラスミド: petm41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IDJ8, lysine-tRNA ligase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.09M NPS-0.3M Sodium nitrate, 0.3 Sodium phosphate dibasic,0.3M Ammonium sulfate. 1.0M Buffer-pH6.5- Imidazole; MES monohydrate (acid) Precipitant Mix-25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.89→149.921 Å / Num. obs: 25891 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.898→2.948 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1293 / CC1/2: 0.446 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PG3 解像度: 3.1→74.96 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.58 Å2 / Biso mean: 57.6733 Å2 / Biso min: 26.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→74.96 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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