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- PDB-6l3w: Crystal structure of BphC, a halotolerant catechol dioxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l3w
タイトルCrystal structure of BphC, a halotolerant catechol dioxygenase
要素Extra-diol dioxygenase BphC
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / catechol / metalloproteins / halotolerant
機能・相同性2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Roll / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Thakur, K.G. / Solanki, V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research インド
引用ジャーナル: mSystems / 年: 2019
タイトル: Structure Elucidation and Biochemical Characterization of Environmentally Relevant Novel Extradiol Dioxygenases Discovered by a Functional Metagenomics Approach.
著者: Sidhu, C. / Solanki, V. / Pinnaka, A.K. / Thakur, K.G.
履歴
登録2019年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extra-diol dioxygenase BphC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3102
ポリマ－35,2541
非ポリマー561
水2,720151
1
A: Extra-diol dioxygenase BphC
ヘテロ分子

A: Extra-diol dioxygenase BphC
ヘテロ分子

A: Extra-diol dioxygenase BphC
ヘテロ分子

A: Extra-diol dioxygenase BphC
ヘテロ分子

A: Extra-diol dioxygenase BphC
ヘテロ分子

A: Extra-diol dioxygenase BphC
ヘテロ分子

A: Extra-diol dioxygenase BphC
ヘテロ分子

A: Extra-diol dioxygenase BphC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,47816
ポリマ－282,0318
非ポリマー4478
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)98.640, 98.640, 158.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-546-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Extra-diol dioxygenase BphC


分子量: 35253.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 遺伝子: 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / プラスミド: pET28a / Cell (発現宿主): BL21-DE3 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE NCBI ACCESSION NUMBER IS KX965751 FOR THIS SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M sodium citrate pH 6.0, 2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→31.19 Å / Num. obs: 12365 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.157 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.6-2.745.30.50917720.8310.020.0440.03999.7
8.22-31.194.80.0394250.9980.0310.0730.06695.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
iMOSFLM3.3.22データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HAN

1han


解像度: 2.6→31.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 10.355 / SU ML: 0.214 / SU R Cruickshank DPI: 0.6048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.605 / ESU R Free: 0.302
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2477 581 4.7 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.1965 11784 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.22 Å2 / Biso mean: 23.993 Å2 / Biso min: 1.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→31.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2344 0 1 151 2496
Biso mean--56.74 18.88 -
残基数----298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0142412
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.881.6443277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7291.6294926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2075297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.12621.053133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.9415378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2911519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02469
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 44 -
Rwork0.254 860 -
all-904 -
obs--99.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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