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万見
- PDB-6l30: Crystal structure of the epithelial cell transforming 2 (ECT2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l30
タイトルCrystal structure of the epithelial cell transforming 2 (ECT2)
要素Protein ECT2
キーワードCELL CYCLE / GEF
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cytokinesis, actomyosin contractile ring assembly / centralspindlin complex / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of protein kinase activity / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / activation of protein kinase activity / bicellular tight junction assembly / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle ...regulation of cytokinesis, actomyosin contractile ring assembly / centralspindlin complex / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of protein kinase activity / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / activation of protein kinase activity / bicellular tight junction assembly / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of cytokinesis / mitotic cytokinesis / cleavage furrow / CDC42 GTPase cycle / positive regulation of GTPase activity / RHOA GTPase cycle / bicellular tight junction / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of neuron differentiation / cellular response to ionizing radiation / GTPase activator activity / cellular response to calcium ion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein homooligomerization / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to hydrogen peroxide / cell morphogenesis / mitotic spindle / cell-cell junction / nervous system development / G alpha (12/13) signalling events / protein transport / midbody / cell cortex / cell differentiation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular signal transduction / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / centrosome / protein homodimerization activity / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Guanine nucleotide exchange factor Ect2 / : / : / ECT2, PH domain / ECT2, BRCT0 domain / twin BRCT domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain ...Guanine nucleotide exchange factor Ect2 / : / : / ECT2, PH domain / ECT2, BRCT0 domain / twin BRCT domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, Z.C. / Chen, M.R. / Pan, H. / Sun, L.F. / Shi, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure and regulation of human epithelial cell transforming 2 protein.
著者: Chen, M. / Pan, H. / Sun, L. / Shi, P. / Zhang, Y. / Li, L. / Huang, Y. / Chen, J. / Jiang, P. / Fang, X. / Wu, C. / Chen, Z.
履歴
登録2019年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein ECT2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7041
ポリマ－80,7041
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.959, 130.579, 131.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Protein ECT2 / Epithelial cell-transforming sequence 2 oncogene


分子量: 80703.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ECT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8V3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.95-1.05 M Potassium/Sodium Tartrate 0.2 M Lithium Sulfate 1 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→32.851 Å / Num. obs: 23040 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.72 / Net I/σ(I): 21.42
反射 シェル解像度: 2.8001→2.9275 Å / Num. unique obs: 2692 / CC1/2: 0.717

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N40, 1lb1

4n40

1lb1


解像度: 2.8→32.851 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2686 1156 5.02 %
Rwork0.2367 21884 -
obs0.2384 23040 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 235.1 Å2 / Biso mean: 107.9073 Å2 / Biso min: 41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→32.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4178 0 0 0 4178
残基数----518
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8001-2.92750.30311440.2812692100
2.9275-3.08170.3691420.28152702100
3.0817-3.27460.34911400.27052697100
3.2746-3.52720.26471440.24552717100
3.5272-3.88170.23791420.23022728100
3.8817-4.44220.27631460.21382751100
4.4422-5.59220.22321440.22932753100
5.5922-32.850.2781540.2376284499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.49941.3985-0.15322.01261.20056.4801-0.28140.23750.0743-0.7618-0.0451-0.1256-0.1624-0.0486-0.0590.5837-0.02990.24270.6038-0.1520.4504-51.4957-39.8103-81.5411
24.3917-1.2902-0.17474.11411.54855.64710.04-0.0359-0.1931-0.04620.02590.1031-0.67240.1210.00510.442-0.00270.08920.44110.04990.3758-48.8879-38.6293-77.2583
33.15840.86351.71034.2692.68352.54190.5537-0.37140.4575-0.1547-0.5364-1.1798-1.01570.6148-0.12030.9362-0.3710.1130.78190.13250.8325-32.9152-25.8154-72.0802
42.5156-0.2216-0.72632.46070.95951.669-0.18490.53080.68190.02080.0121-0.6262-0.84110.76840.00891.2358-0.53020.14841.10750.0551.0765-29.0865-17.6532-74.4705
50.7049-0.04470.3845-0.22490.04440.17761.1045-1.09421.5374-0.62930.79580.16040.3225-0.6265-0.55171.7781-0.17510.13953.46340.65631.7805-35.2198-5.4496-71.5479
63.0373-0.0860.6061.8148-1.2772.0832-0.3446-0.00360.84740.15580.32840.6324-1.0448-0.23590.17821.0675-0.18320.06240.6173-0.03810.8093-39.3625-18.6117-67.4316
72.07681.70561.04631.91411.3625.02390.3911-0.463-0.43130.4251-0.208-0.2950.3391-0.2827-0.1060.5653-0.1163-0.20680.82480.0570.7959-32.5357-26.306-38.9868
81.3775-1.7053-2.14023.2183.58913.478-0.2328-1.8382-0.06410.0050.7604-0.148-0.46541.5748-0.3091.2969-0.0459-0.68581.62360.13721.3798-23.4163-26.0482-20.7528
93.2445-0.05991.61131.6839-1.49583.4886-0.13520.687-0.0233-0.4215-0.255-0.25010.5220.12380.1630.7285-0.0644-0.18090.84150.08820.7253-11.7051-15.9704-28.4481
104.00211.6049-2.89140.7705-0.27935.71980.6355-1.3274-0.37930.3354-0.57330.15950.8713-1.87730.23571.5328-0.1603-0.79871.17790.12631.5663-18.39966.1318-24.1883
113.895-0.00760.94534.2144-0.55073.5345-0.3754-0.09740.72750.4226-0.0259-0.2473-1.1961-0.4740.31211.1620.1384-0.34990.56130.03260.7977-20.5775-0.6024-28.1239
123.93591.0268-1.87215.4882-0.25142.66110.01031.18720.4887-0.906-0.02440.2025-0.7863-0.39110.41691.27020.1539-0.48530.85610.16270.9609-25.3311-2.1685-38.6764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 140:161)A140 - 161
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 162:229)A162 - 229
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 230:254)A230 - 254
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 255:283)A255 - 283
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 284:297)A284 - 297
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 298:323)A298 - 323
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 420:578)A420 - 578
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 579:611)A579 - 611
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 612:645)A612 - 645
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 646:658)A646 - 658
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 659:744)A659 - 744
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 745:782)A745 - 782

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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