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- PDB-6l2b: Crystal structure of cyclophilin mutant I164M from Leishmania don... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l2b
タイトルCrystal structure of cyclophilin mutant I164M from Leishmania donovani at 2.65 angstrom resolution
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / Peptidyl prolyl isomerase / Cyclophilin
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclosporin A binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / intracellular membrane-bounded organelle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Ghosh, S. / Biswas, G. / Datta, A.K. / Banerjee, R.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of cyclophilin mutant I164M from Leishmania donovani at 2.65 angstrom resolution.
著者: Ghosh, S. / Biswas, G. / Datta, A.K. / Banerjee, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2007
タイトル: Structure of cyclophilin from Leishmania donovani at 1.97 A resolution.
著者: Venugopal, V. / Sen, B. / Datta, A.K. / Banerjee, R.
履歴
登録2019年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1091
ポリマ－19,1091
非ポリマー00
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)48.618, 48.618, 141.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 19108.578 Da / 分子数: 1 / 変異: I164M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
遺伝子: CYP / プラスミド: pQE32 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U9R3, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 % / 解説: Tetragonal bipyramid
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20mM Tris HCl, 100mM NaCl, 0.02% sodium azide, PEG 3350 (Reservoir 30% and precipitant 3% in the final drop), protein at concentration 5 mg/ml.

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年4月30日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→45.97 Å / Num. obs: 5381 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 5.58 % / Biso Wilson estimate: 44.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.651→2.746 Å / 冗長度: 5.58 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Num. unique obs: 5384 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
CrystalClear2データ削減
CrystalClear2データスケーリング
CrystalClear2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HAQ

2haq


解像度: 2.65→45.97 Å / SU ML: 0.3601 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.4865
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 269 5 %Random selection
Rwork0.1775 ---
obs-5381 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1274 0 0 41 1315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00231304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51031763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.6326761
LS精密化 シェル解像度: 2.651→2.7457 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3029 129 -
Rwork0.2124 2467 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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