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万見
- PDB-6l27: X-ray crystal structure of the mutant green fluorescent protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l27
タイトルX-ray crystal structure of the mutant green fluorescent protein
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GFP / mutant / recombinant
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / DEUTERATED WATER / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 0.77 Å
データ登録者Adachi, M. / Shimizu, R. / Shibazaki, C. / Kagotani, Y. / Ostermann, A. / Schrader, T.E.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP16KT0063 日本
引用ジャーナル: J Phys Chem Lett / 年: 2020
タイトル: Direct Observation of the Protonation States in the Mutant Green Fluorescent Protein.
著者: Shibazaki, C. / Shimizu, R. / Kagotani, Y. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Adachi, M.
履歴
登録2019年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8291
ポリマ－25,8291
非ポリマー00
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.875, 62.561, 68.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 25829.025 Da / 分子数: 1
変異: SYG was converted to GYS of chromophore by post translational reaction.
由来タイプ: 組換発現
詳細: THE AMINO ACIDS OF SYG ARE PROCESSED TO CHROMOPHORE AS COMPND GYS BY POST-TRANSLATIONAL REACTION.
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES-NaOD (pD 7.0), 5.0 % w/v PEG 2000 and 50 mM NDSB

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.85 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.77→28.486 Å / Num. obs: 258331 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 61.45
反射 シェル解像度: 0.77→0.8 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / Num. unique obs: 25594 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 0.77→28.486 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 10.56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1239 12907 5 %Random selection
Rwork0.1184 ---
obs0.1186 258108 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.74 Å2 / Biso mean: 9.8978 Å2 / Biso min: 3.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.77→28.486 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1821 0 0 406 2227
Biso mean---25.38 -
残基数----227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152201
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5872989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.192320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.716855

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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