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- PDB-6l0v: Structure of RLD2 BRX domain bound to LZY3 CCL motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l0v
タイトルStructure of RLD2 BRX domain bound to LZY3 CCL motif
要素
  • NGR2
  • RLD2
キーワードSIGNALING PROTEIN / gravitropism / gravitropic setpoint angle / auxin / BRX domain
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral root branching / gravitropism / regulation of growth / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Brevis radix (BRX) domain / Transcription factor BREVIS RADIX, N-terminal domain / LAZY family / Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3 / Transcription factor BRX N-terminal domain / BRX domain profile. / : / Pleckstrin homology domain / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger ...Brevis radix (BRX) domain / Transcription factor BREVIS RADIX, N-terminal domain / LAZY family / Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3 / Transcription factor BRX N-terminal domain / BRX domain profile. / : / Pleckstrin homology domain / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Pleckstrin homology domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type / PH-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Regulator of chromosome condensation (RCC1) family with FYVE zinc finger domain-containing protein / Protein LAZY 4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.347 Å
データ登録者Hirano, Y. / Futrutani, M. / Nishimura, T. / Taniguchi, M. / Morita, M.T. / Hakoshima, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyCREST JPMJCR14M5 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Polar recruitment of RLD by LAZY1-like protein during gravity signaling in root branch angle control.
著者: Furutani, M. / Hirano, Y. / Nishimura, T. / Nakamura, M. / Taniguchi, M. / Suzuki, K. / Oshida, R. / Kondo, C. / Sun, S. / Kato, K. / Fukao, Y. / Hakoshima, T. / Morita, M.T.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RLD2
B: NGR2
C: RLD2
D: NGR2
E: RLD2
F: NGR2
G: RLD2
H: NGR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,89514
ポリマ－37,3908
非ポリマー5056
水5,116284
1
A: RLD2
B: NGR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5164
ポリマ－9,3482
非ポリマー1682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5730 Å2
手法PISA
2
C: RLD2
D: NGR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4103
ポリマ－9,3482
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5230 Å2
手法PISA
3
E: RLD2
F: NGR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4724
ポリマ－9,3482
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area4830 Å2
手法PISA
4
G: RLD2
H: NGR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4983
ポリマ－9,3482
非ポリマー1501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.673, 31.237, 128.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
RLD2 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) family with FYVE zinc finger domain-containing protein


分子量: 7498.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g12350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: F4K0X5
#2: タンパク質・ペプチド
NGR2 / LZY3


分子量: 1849.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NGR2, At1g72490, T10D10.4, T10D10_4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q5XVG3

-
非ポリマー , 4種, 290分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate, Tris-HCl buffer (pH 7.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.347→50 Å / Num. obs: 75903 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 1.347→1.37 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 3518 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.347→42.942 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.04
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2007 3752 4.95 %Random Selection
Rwork0.177 ---
obs0.1781 75856 95.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.347→42.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2557 0 33 284 2874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9153758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6311508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.347-1.3640.2981200.2472262X-RAY DIFFRACTION80
1.364-1.38190.25921310.22282552X-RAY DIFFRACTION93
1.3819-1.40090.24561380.20382545X-RAY DIFFRACTION91
1.4009-1.42090.20391470.18822479X-RAY DIFFRACTION90
1.4209-1.44210.24411280.17012603X-RAY DIFFRACTION93
1.4421-1.46460.22691370.16552653X-RAY DIFFRACTION97
1.4646-1.48860.16991510.15612659X-RAY DIFFRACTION94
1.4886-1.51430.17361370.14762623X-RAY DIFFRACTION96
1.5143-1.54180.18361440.14772735X-RAY DIFFRACTION97
1.5418-1.57150.18521290.1472686X-RAY DIFFRACTION96
1.5715-1.60360.18571520.14592700X-RAY DIFFRACTION98
1.6036-1.63850.19571380.1352691X-RAY DIFFRACTION95
1.6385-1.67660.18191150.13732565X-RAY DIFFRACTION93
1.6766-1.71850.1991200.14452740X-RAY DIFFRACTION97
1.7185-1.7650.18761470.15552750X-RAY DIFFRACTION98
1.765-1.81690.22241520.15192701X-RAY DIFFRACTION97
1.8169-1.87550.1581560.14842691X-RAY DIFFRACTION97
1.8755-1.94260.20411500.16132737X-RAY DIFFRACTION98
1.9426-2.02040.2041530.16312739X-RAY DIFFRACTION98
2.0204-2.11230.21361390.16512624X-RAY DIFFRACTION93
2.1123-2.22370.20571490.16762765X-RAY DIFFRACTION97
2.2237-2.3630.17231420.17032749X-RAY DIFFRACTION98
2.363-2.54540.19891460.17762743X-RAY DIFFRACTION98
2.5454-2.80150.21471590.19952787X-RAY DIFFRACTION97
2.8015-3.20680.24881060.19872688X-RAY DIFFRACTION93
3.2068-4.03970.20641220.19222797X-RAY DIFFRACTION97
4.0397-42.9420.17631440.18972840X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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