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万見
- PDB-6l07: Crystal structure of Escherichia coli phosphatidylserine decarbox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l07
タイトルCrystal structure of Escherichia coli phosphatidylserine decarboxylase (PE-bound form)
要素
  • (Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain) x 2
  • Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
キーワードLYASE / Phosphatidylserine / Phosphatidylethanolamine / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylserine decarboxylase / phosphatidylserine decarboxylase activity / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / zymogen activation / protein autoprocessing / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylserine decarboxylase-related / Phosphatidylserine decarboxylase / Phosphatidylserine decarboxylase, prokaryotic type 1 / Phosphatidylserine decarboxylase
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme / Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Watanabe, Y. / Watanabe, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Phosphatidylethanolamine Biosynthesis by Bacterial Phosphatidylserine Decarboxylase.
著者: Watanabe, Y. / Watanabe, Y. / Watanabe, S.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02021年10月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
I: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
B: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
J: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
C: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
K: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
D: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
N: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
E: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
L: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
F: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
O: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
G: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
M: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
H: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
P: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,91521
ポリマ－272,19516
非ポリマー3,7205
水00
1
A: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
I: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
E: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
L: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5266
ポリマ－68,0384
非ポリマー1,4882
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
J: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
D: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
N: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7965
ポリマ－68,0524
非ポリマー7441
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
K: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
G: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
M: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5266
ポリマ－68,0384
非ポリマー1,4882
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
O: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
H: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
P: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0664
ポリマ－68,0664
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)218.191, 218.191, 143.798
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質
Phosphatidylserine decarboxylase beta chain


分子量: 30263.859 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
株: BL21(DE3) / Variant: C43 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: A0A446DLT6, UniProt: P0A8K1*PLUS, phosphatidylserine decarboxylase
#2: タンパク質・ペプチド
Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain


分子量: 3755.313 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
株: BL21(DE3) / Variant: C43 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: A0A446DLT6, UniProt: P0A8K1*PLUS, phosphatidylserine decarboxylase
#3: タンパク質・ペプチド Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain


分子量: 3769.296 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
株: BL21(DE3) / Variant: C43 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: A0A446DLT6, UniProt: P0A8K1*PLUS, phosphatidylserine decarboxylase
#4: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: pentaerythritol ethoxylate, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 45175 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.38 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 3.6→3.82 Å / 冗長度: 5.19 % / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 14239 / CC1/2: 0.598 / Rrim(I) all: 1.136 / Rsym value: 1.021 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→49.2441 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.7
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2891 2327 5.15 %
Rwork0.241 --
obs0.2434 45175 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 235.33 Å2 / Biso mean: 154.5922 Å2 / Biso min: 91.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→49.2441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18179 0 0 0 18179
残基数----2319
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.6-3.67250.38631370.352249599
3.6725-3.75230.36391200.34412520100
3.7523-3.83960.35451470.3152506100
3.8396-3.93560.32731310.30352493100
3.9356-4.04190.33611310.30022532100
4.0419-4.16080.2991310.30292508100
4.1608-4.2950.29771660.27662496100
4.295-4.44850.32441330.27472524100
4.4485-4.62640.31091350.26282496100
4.6264-4.83680.32011220.25182550100
4.8368-5.09160.27341380.2452499100
5.0916-5.41020.27161430.23862517100
5.4102-5.82730.31671430.25462532100
5.8273-6.41260.31741330.26352530100
6.4126-7.33790.28471410.25372522100
7.3379-9.2350.24161330.18682552100
9.235-49.24410.26221430.1965257699

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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