PDB-6l00: Crystal structure of the cell-wall binding domain (CBD) of endoly...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l00

タイトル

Crystal structure of the cell-wall binding domain (CBD) of endolysin LysIME-EF1

要素

Lysin

キーワード

LYASE

機能・相同性

symbiont-mediated cytolysis of host cell / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / metal ion binding / Lysin

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus phage IMEEF1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Ouyang, S.Y. / Zhen, X.K.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Structural and functional insights into a novel two-component endolysin encoded by a single gene in Enterococcus faecalis phage.
著者: Zhou, B. / Zhen, X. / Zhou, H. / Zhao, F. / Fan, C. / Perculija, V. / Tong, Y. / Mi, Z. / Ouyang, S.

履歴

登録	2019年9月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l00.cif.gz	28.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l00.ent.gz	17.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l00_validation.pdf.gz	411.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l00_full_validation.pdf.gz	411.7 KB	表示
XML形式データ	6l00_validation.xml.gz	5.2 KB	表示
CIF形式データ	6l00_validation.cif.gz	6.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/6l00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/6l00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6istSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mog-1 2emq-d 6yj8-d 2o16-3 5aao-5 1yav-d 5aao-6 3gby-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lysin

8.17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
32.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.880, 59.880, 87.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Lysin 分子量: 8166.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus phage IMEEF1 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: S5MRN1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月20日
放射	モノクロメーター: SSRF BEAMLINE BL17U1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→49.33 Å / Num. obs: 8236 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 2.3
反射シェル	解像度: 1.75→1.813 Å / Num. unique obs: 552 / CC_1/2: 0.696
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IST

6ist

解像度: 1.75→42.342 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2438	814	9.89 %
R_work	0.2231	-	-
obs	0.2251	8231	98.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.43 Å² / B_iso mean: 27.2266 Å² / B_iso min: 15.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→42.342 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	566	0	0	53	619
B_iso mean	-	-	-	34.05	-
残基数	-	-	-	-	70

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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