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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kzk | ||||||
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タイトル | Structure of alginate lyase Aly36B mutant K143A/M171A in complex with alginate trisaccharide | ||||||
![]() | Alginate lyase | ||||||
![]() | LYASE | ||||||
機能・相同性 | : / Polysaccharide lyase 14 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Y.Z. / Dong, F. / Chen, X.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Alginate Lyase Aly36B is a New Bacterial Member of the Polysaccharide Lyase Family 36 and Catalyzes by a Novel Mechanism With Lysine as Both the Catalytic Base and Catalytic Acid. 著者: Dong, F. / Xu, F. / Chen, X.L. / Li, P.Y. / Li, C.Y. / Li, F.C. / Chen, Y. / Wang, P. / Zhang, Y.Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26487.859 Da / 分子数: 3 / 変異: K109A, M137A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CK934_20815 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: potassium phosphate dibasic, PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.789→50 Å / Num. obs: 21758 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.789→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.395 / Num. unique obs: 1088 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.64 Å2 / Biso mean: 22.7457 Å2 / Biso min: 4.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.789→40.842 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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