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- PDB-6kzd: Crystal structure of TRKc in complex with 3-((6-(4-aminophenyl)im... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kzd
タイトルCrystal structure of TRKc in complex with 3-((6-(4-aminophenyl)imidazo[1,2-a]pyrazin-3-yl)ethynyl)- N-(3-isopropyl-5-((4-methylpiperazin-1-yl)methyl)phenyl)-2- methylbenzamide
要素NT-3 growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / TRKc
機能・相同性
機能・相同性情報


NTF3 activates NTRK3 signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / NTRK3 as a dependence receptor / neurotrophin receptor activity / neurotrophin binding / Activated NTRK3 signals through PI3K / activation of GTPase activity / positive regulation of positive chemotaxis ...NTF3 activates NTRK3 signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / NTRK3 as a dependence receptor / neurotrophin receptor activity / neurotrophin binding / Activated NTRK3 signals through PI3K / activation of GTPase activity / positive regulation of positive chemotaxis / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Activated NTRK3 signals through RAS / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / activation of protein kinase B activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of MAP kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / p53 binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / nervous system development / heart development / cell differentiation / receptor complex / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / phosphorylation / axon / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NT-3 growth factor receptor NTRK3 / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site ...NT-3 growth factor receptor NTRK3 / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Leucine rich repeat / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DZ6 / PHOSPHATE ION / NT-3 growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.708 Å
データ登録者Wang, Y. / Zhang, Z.M.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Design, synthesis and biological evaluation of 3-(imidazo[1,2-a]pyrazin-3-ylethynyl)-2-methylbenzamides as potent and selective pan-tropomyosin receptor kinase (TRK) inhibitors.
著者: Cui, S. / Wang, Y. / Wang, Y. / Tang, X. / Ren, X. / Zhang, L. / Xu, Y. / Zhang, Z. / Zhang, Z.M. / Lu, X. / Ding, K.
履歴
登録2019年9月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NT-3 growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5053
ポリマ－35,8271
非ポリマー6792
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.695, 54.569, 108.842
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NT-3 growth factor receptor / GP145-TrkC / Trk-C / Neurotrophic tyrosine kinase receptor type 3 / TrkC tyrosine kinase


分子量: 35826.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTRK3, TRKC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16288, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-DZ6 / 3-[2-[6-(4-aminophenyl)imidazo[1,2-a]pyrazin-3-yl]ethynyl]-2-methyl-~{N}-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)-5-propan-2-yl-phenyl]benzamide


分子量: 583.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H37N7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1MMES, pH 6.0, 0.15M (NH4)2SO4, 15% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.708→50 Å / Num. obs: 33961 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 31.51
反射 シェル解像度: 1.71→1.77 Å / Num. unique obs: 3240 / CC1/2: 0.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.708→38.534 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1836 3087 5.95 %
Rwork0.1587 --
obs0.1602 33905 80.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.58 Å2 / Biso mean: 20.7559 Å2 / Biso min: 2.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.708→38.534 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2255 0 49 300 2604
Biso mean--23.67 34.04 -
残基数----282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1033196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.924882
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.708-1.73440.245981135749
1.7344-1.76280.2333100139351
1.7628-1.79320.271887145252
1.7932-1.82580.210187146053
1.8258-1.86090.224595147554
1.8609-1.89890.2063107155857
1.8989-1.94020.203389168961
1.9402-1.98530.2244126183066
1.9853-2.0350.1764129201673
2.035-2.090.1623145220480
2.09-2.15150.2009140228083
2.1515-2.22090.2021168264896
2.2209-2.30030.17051730.145271699
2.3003-2.39240.17781692782100
2.3924-2.50120.18111902767100
2.5012-2.63310.19091512746100
2.6331-2.7980.18541842762100
2.798-3.0140.1692168275999
3.014-3.31710.2041170269098
3.3171-3.79680.17431730.14442773100
3.7968-4.78210.14531620.14092761100
4.78210.18041930.1841271399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01070.0168-0.00120.035-0.00480.0043-0.0670.02270.00120.06380.0417-0.1607-0.0054-0.04620.01460.1104-0.002-0.07080.0887-0.00310.1584-10.4697-27.282311.6747
20.0986-0.10220.07760.1868-0.00850.1261-0.10390.0651-0.08850.01410.1847-0.1084-0.05720.00960.05950.0775-0.05970.06480.1322-0.03920.099-9.3563-27.77057.8327
30.02610.00720.02060.002-0.00240.0225-0.17960.0142-0.03860.01960.01670.1229-0.03540.0123-0.00690.1526-0.01440.03250.13380.02020.122-22.8269-18.71813.2698
40.07310.0404-0.03110.0697-0.02690.0772-0.0737-0.0073-0.0890.040.0739-0.16440.11940.0144-0.0020.0564-0.0076-0.00450.04970.00060.0798-5.2739-14.439611.9534
50.0458-0.00710.02290.14220.06040.0779-0.0151-0.07390.0323-0.00510.0371-0.02630.0044-0.0602-0.00070.0488-0.00370.01040.0740.0070.0424-9.2702-5.855415.4473
60.1667-0.10020.03230.0913-0.0390.1935-0.0654-0.13840.17840.20720.0551-0.0476-0.2043-0.0186-0.03820.03780.01640.02070.0488-0.03740.0375-9.46236.886721.6034
70.04340.03050.03120.02470.01720.04150.00360.1271-0.066-0.12830.0234-0.0290.02550.06690.00040.1230.00340.02310.1166-0.00510.0843-3.62783.95630.3633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 528 through 557 )A528 - 557
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 558 through 578 )A558 - 578
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 579 through 594 )A579 - 594
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 595 through 652 )A595 - 652
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 653 through 731 )A653 - 731
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 732 through 816 )A732 - 816
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 817 through 837 )A817 - 837

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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