[日本語] English
万見
- PDB-1oec: FGFr2 kinase domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oec
タイトルFGFr2 kinase domain
要素FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 2
キーワードTRANSFERASE / FGFR2 KINASE DOMAIN / RECEPTOR TYROSINE KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development ...Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development / lacrimal gland development / prostate gland morphogenesis / otic vesicle formation / regulation of smooth muscle cell differentiation / regulation of morphogenesis of a branching structure / orbitofrontal cortex development / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / embryonic organ morphogenesis / branching morphogenesis of a nerve / endochondral bone growth / morphogenesis of embryonic epithelium / bud elongation involved in lung branching / epidermis morphogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / reproductive structure development / limb bud formation / membranous septum morphogenesis / lung lobe morphogenesis / gland morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / embryonic digestive tract morphogenesis / mesenchymal cell differentiation / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / pyramidal neuron development / branching involved in prostate gland morphogenesis / FGFR2b ligand binding and activation / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / regulation of osteoblast proliferation / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic pattern specification / positive regulation of phospholipase activity / lung-associated mesenchyme development / outflow tract septum morphogenesis / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic cranial skeleton morphogenesis / mesodermal cell differentiation / bone morphogenesis / digestive tract development / skeletal system morphogenesis / odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / inner ear morphogenesis / organ growth / hair follicle morphogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / regulation of osteoblast differentiation / PI-3K cascade:FGFR2 / lung alveolus development / prostate epithelial cord elongation / midbrain development / bone mineralization / fibroblast growth factor binding / positive regulation of cell division / excitatory synapse / PI3K Cascade / positive regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of keratinocyte proliferation / embryonic organ development / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / SHC-mediated cascade:FGFR2 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / FRS-mediated FGFR2 signaling / cellular response to retinoic acid / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of cell cycle / Signaling by FGFR2 in disease / epithelial cell differentiation / axonogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation / post-embryonic development / animal organ morphogenesis / Negative regulation of FGFR2 signaling / lung development / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-ARYL-2-PHENYLAMINO PYRIMIDINE / Fibroblast growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ceska, T.A. / Owens, R. / Doyle, C. / Hamlyn, P. / Crabbe, T. / Moffat, D. / Davis, J. / Martin, R. / Perry, M.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the Fgfr2 Tyrosine Kinase Domain in Complex with 4-Aryl-2-Phenylamino Pyrimidine Angiogenesis Inhibitors
著者: Ceska, T.A. / Owens, R. / Doyle, C. / Hamlyn, P. / Crabbe, T. / Moffat, D. / Davis, J. / Martin, R. / Perry, M.J.
履歴
登録2003年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7414
ポリマ－36,0971
非ポリマー6443
水2,900161
1
A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 2
ヘテロ分子

A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 2
ヘテロ分子

A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 2
ヘテロ分子

A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,96316
ポリマ－144,3864
非ポリマー2,57612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.760, 80.500, 120.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 2 / FGFR-2 / KERATINOCYTE GROWTH FACTOR RECEPTOR 2


分子量: 36096.586 Da / 分子数: 1 / 断片: TYROSINE KINASE DOMAIN, RESIDUES 456-768 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P21802, EC: 2.7.1.112
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AA2 / 4-ARYL-2-PHENYLAMINO PYRIMIDINE / 4-[4-(1-AMINO-1-METHYLETHYL)PHENYL]-5-CHLORO-N-[4-(2-MORPHOLIN-4-YLETHYL)PHENYL]PYRIMIDIN-2-AMINE


分子量: 451.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30ClN5O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RECEPTOR FOR ACIDIC AND BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTORS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化pH: 5.9 / 詳細: pH 5.90

-
データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 87022 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.199 / % possible all: 78.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GJO

1gjo


解像度: 2.4→100 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THERE ARE TWO DISORDERED REGIONS. 504-506 AND 581-595 IN ADDITION DISORDERED ATOMS OF RESIDUES C491 AND F492 HAVE BEEN OMITTED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1373 10 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 13496 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2211 0 42 161 2414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.136
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION2AA2.PARAA2.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る