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- PDB-6kz8: Crystal structure of plant Phospholipase D alpha complex with pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kz8
タイトルCrystal structure of plant Phospholipase D alpha complex with phosphatidic acid
要素Phospholipase D alpha 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Phospholipase D / calcium activation / C2 domain (C2ドメイン) / phosphatidic acid (ホスファチジン酸) / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


leaf shaping / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / phospholipase D / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phospholipase activity / 発芽 / ethylene-activated signaling pathway / phospholipase D activity / regulation of stomatal movement / phospholipid catabolic process ...leaf shaping / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / phospholipase D / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phospholipase activity / 発芽 / ethylene-activated signaling pathway / phospholipase D activity / regulation of stomatal movement / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / response to abscisic acid / 原形質連絡 / abscisic acid-activated signaling pathway / 液胞 / クラスリン / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / GTPase activator activity / 葉緑体 / fatty acid metabolic process / ミトコンドリア / calcium ion binding / 小胞体 / ミトコンドリア / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Phospholipase D, plant / Phospholipase D, C-terminal / Phospholipase D C terminal / Phospholipase D family / Phospholipase D Active site motif / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Phospholipase D, plant / Phospholipase D, C-terminal / Phospholipase D C terminal / Phospholipase D family / Phospholipase D Active site motif / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2ドメイン / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / Phospholipase D alpha 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.291 Å
データ登録者Li, J.X. / Yu, F. / Zhang, P.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China2018YFA0900600 中国
National Natural Science Foundation of China31971120 中国
National Natural Science Foundation of China31870720 中国
Chinese Academy of SciencesXDB27020103 中国
Chinese Academy of SciencesQYZDB-SSW-SMC006 中国
National Natural Science Foundation of China19XD1424500 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of plant PLD alpha 1 reveals catalytic and regulatory mechanisms of eukaryotic phospholipase D.
著者: Li, J. / Yu, F. / Guo, H. / Xiong, R. / Zhang, W. / He, F. / Zhang, M. / Zhang, P.
履歴
登録2019年9月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年5月13日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase D alpha 1
B: Phospholipase D alpha 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,8636
ポリマ－183,9362
非ポリマー9274
水8,953497
1
A: Phospholipase D alpha 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4323
ポリマ－91,9681
非ポリマー4642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area30160 Å2
手法PISA
2
B: Phospholipase D alpha 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4323
ポリマ－91,9681
非ポリマー4642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area29660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.042, 123.030, 138.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase D alpha 1 / Phospholipase D / PLD alpha 1 / Choline phosphatase 1 / PLDalpha / Phosphatidylcholine-hydrolyzing ...Phospholipase D / PLD alpha 1 / Choline phosphatase 1 / PLDalpha / Phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase D 1


分子量: 91967.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PLDALPHA1, PLD1, At3g15730, MSJ11.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38882, phospholipase D
#2: 化合物 ChemComp-PA8 / 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 423.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 3000, 0.1M Tris-HCl (pH 7.0), 0.2M Ca(OAc)2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→37.89 Å / Num. obs: 101062 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / Num. unique obs: 6209 / CC1/2: 0.785

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.291→37.89 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 2720 2.69 %
Rwork0.1979 98342 -
obs0.1992 101062 68.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.69 Å2 / Biso mean: 15.7814 Å2 / Biso min: 1.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.291→37.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12596 0 58 497 13151
Biso mean--15.17 14.75 -
残基数----1568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01312978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.617584
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2111854
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6324828
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.291-2.33260.3344820.2695294139
2.3326-2.37750.3101920.2608337745
2.3775-2.4260.3422980.2691354447
2.426-2.47880.32311020.2715366848
2.4788-2.53640.28041020.2722375250
2.5364-2.59980.31090.2807384251
2.5998-2.67010.2961090.2727396452
2.6701-2.74870.32331140.263408754
2.7487-2.83730.28811160.2449433657
2.8373-2.93870.25531290.2391458161
2.9387-3.05630.26951340.2327502867
3.0563-3.19540.23471590.2156556773
3.1954-3.36370.27761750.2005628084
3.3637-3.57430.22381850.1823675890
3.5743-3.85010.24281930.1691708794
3.8501-4.2370.23192030.1645716795
4.237-4.84910.18812100.1598743999
4.8491-6.10520.22282080.18117516100
6.1052-37.890.2372000.1883740898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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