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万見
- PDB-6kyx: Crystal Structure of Staphylococcus aureus response regulator Arl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kyx
タイトルCrystal Structure of Staphylococcus aureus response regulator ArlR DNA binding domain with His tag cleaved
要素DNA-binding response regulator ArlR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / bacterial signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Response regulator ArlR
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.0048 Å
データ登録者Wen, Y. / Ouyang, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaNO.31870132, NO.81741088 and NO.31500051 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Staphylococcus aureus response regulator ArlR DNA binding domain
著者: Wen, Y. / Ouyang, Z.
履歴
登録2019年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding response regulator ArlR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6771
ポリマ－11,6771
非ポリマー00
水1,35175
1
A: DNA-binding response regulator ArlR

A: DNA-binding response regulator ArlR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3552
ポリマ－23,3552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.060, 68.060, 152.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

HOH

21A-344-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding response regulator ArlR


分子量: 11677.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ER627_12465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A482QZB9, UniProt: Q9KJN4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.85 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 3.2 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.471 Å / Num. obs: 14804 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 24.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 21.05
反射 シェル解像度: 2→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 2282 / CC1/2: 0.91

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.0048→29.471 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.9
詳細: The scaled data used for the refinement was truncated with anisotropical server.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 840 10.01 %
Rwork0.1995 --
obs0.2046 8388 56.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.38 Å2 / Biso mean: 31.3676 Å2 / Biso min: 8.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.0048→29.471 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数804 0 0 75 879
Biso mean---34.57 -
残基数----100
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0048-2.13040.3999110.25581035
2.1304-2.29480.328370.267133015
2.2948-2.52560.289810.260373034
2.5256-2.89080.29061960.2516176881
2.8908-3.64110.25762480.20582224100
3.6411-29.4710.21882670.16392393100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.2883 Å / Origin y: -11.0858 Å / Origin z: -10.4422 Å
111213212223313233
T0.1588 Å20.0905 Å20.0088 Å2-0.1941 Å2-0.0091 Å2--0.07 Å2
L0.6465 °20.0967 °2-0.7633 °2-1.2178 °20.5062 °2--1.4702 °2
S0.0366 Å °0.0241 Å °-0.0331 Å °-0.1686 Å °-0.0699 Å °-0.1049 Å °0.2737 Å °0.2911 Å °-0.0193 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA120 - 219
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 68
3X-RAY DIFFRACTION1allS69 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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