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- PDB-6kyw: S8-mSRK-S8-SP11 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kyw
タイトルS8-mSRK-S8-SP11 complex
要素
  • Receptor protein kinase SRK8
  • S locus protein 11
キーワードPLANT PROTEIN / Ligand-receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rejection of self pollen / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / extracellular region / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
S-locus glycoprotein domain / S-locus receptor kinase, C-terminal / S-locus, receptor kinase / S-receptor-like serine/threonine-protein kinase / S-locus glycoprotein domain / D-mannose binding lectin / PAN-like domain / Domain of unknown function (DUF3403) / Receptor serine/threonine kinase / Plant self-incompatibility response ...S-locus glycoprotein domain / S-locus receptor kinase, C-terminal / S-locus, receptor kinase / S-receptor-like serine/threonine-protein kinase / S-locus glycoprotein domain / D-mannose binding lectin / PAN-like domain / Domain of unknown function (DUF3403) / Receptor serine/threonine kinase / Plant self-incompatibility response / Plant self-incompatibility response (SCRL) protein / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN/Apple domain / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-like serine/threonine-protein kinase / S locus protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica campestris (カブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.60112735603 Å
データ登録者Murase, K. / Hakoshima, T. / Mori, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号
Japan Society for the Promotion of Science16H06380 日本
Japan Society for the Promotion of Science15K18683 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2020
タイトル: Mechanism of self/nonself-discrimination in Brassica self-incompatibility.
著者: Murase, K. / Moriwaki, Y. / Mori, T. / Liu, X. / Masaka, C. / Takada, Y. / Maesaki, R. / Mishima, M. / Fujii, S. / Hirano, Y. / Kawabe, Z. / Nagata, K. / Terada, T. / Suzuki, G. / Watanabe, M. ...著者: Murase, K. / Moriwaki, Y. / Mori, T. / Liu, X. / Masaka, C. / Takada, Y. / Maesaki, R. / Mishima, M. / Fujii, S. / Hirano, Y. / Kawabe, Z. / Nagata, K. / Terada, T. / Suzuki, G. / Watanabe, M. / Shimizu, K. / Hakoshima, T. / Takayama, S.
履歴
登録2019年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor protein kinase SRK8
B: Receptor protein kinase SRK8
C: S locus protein 11
D: S locus protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,6239
ポリマ-111,5174
非ポリマー1,1065
3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, gel-filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area37890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.562, 143.562, 194.401
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Receptor protein kinase SRK8


分子量: 50509.461 Da / 分子数: 2
変異: P79S, Y80E, I81R, F108V, L110R, L180R, F190S, L214Q, L239S, K248E, V286G, V287A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brassica campestris (カブラ) / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q39276
#2: タンパク質・ペプチド S locus protein 11 / S-locus cysteine-rich protein / S-locus pollen protein


分子量: 5249.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Brassica campestris (カブラ) / 参照: UniProt: Q9SE17
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.44 % / 解説: Octahedral
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15-16% PEG3350, 0.2 M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 120405 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 50.7816399259 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 29.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.73 / Num. unique obs: 120405

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.60112735603→43.8355014734 Å / SU ML: 0.33086424461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33790816335 / 位相誤差: 26.2562969258
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.250891512589 1999 3.34751155469 %
Rwork0.219900981495 57717 -
obs0.220982051418 59716 94.921396894 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.7030502426 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.60112735603→43.8355014734 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6822 0 0 184 7006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01215315364866994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.167800045889492
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05769854419291021
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006090505788891228
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.63259266112584
LS精密化 シェル解像度: 2.6011→2.6662 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.4107 144
Rwork0.3093 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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