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- PDB-6kyr: Crystal structure of DCLK1 mutant (P675L) Autoinhibited Kinase Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kyr
タイトルCrystal structure of DCLK1 mutant (P675L) Autoinhibited Kinase Domain
要素Serine/threonine-protein kinase DCLK1
キーワードSIGNALING PROTEIN / kinase / autoinhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


central nervous system projection neuron axonogenesis / axon extension / negative regulation of protein localization to nucleus / dendrite morphogenesis / endosomal transport / protein localization to nucleus / forebrain development / neuron projection morphogenesis / central nervous system development / neuron migration ...central nervous system projection neuron axonogenesis / axon extension / negative regulation of protein localization to nucleus / dendrite morphogenesis / endosomal transport / protein localization to nucleus / forebrain development / neuron projection morphogenesis / central nervous system development / neuron migration / response to virus / nervous system development / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Serine/threonine-protein kinase DCLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.206 Å
データ登録者Yu, Y. / Chen, Q.
引用ジャーナル: Innovation (N Y) / 年: 2021
タイトル: DCLK1 Autoinhibition and Activation in Tumorigenesis
著者: Cheng, L. / Yang, Z. / Guo, W. / Wu, C. / Liang, S. / Tong, A. / Cao, Z. / Thorne, R.F. / Yang, S.Y. / Yu, Y. / Chen, Q.
履歴
登録2019年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
B: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5045
ポリマ－73,2702
非ポリマー2343
水6,882382
1
A: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7913
ポリマ－36,6351
非ポリマー1562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area14740 Å2
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7132
ポリマ－36,6351
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area14550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.941, 78.003, 177.611
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase DCLK1 / Doublecortin domain-containing protein 3A / Doublecortin-like and CAM kinase-like 1 / Doublecortin- ...Doublecortin domain-containing protein 3A / Doublecortin-like and CAM kinase-like 1 / Doublecortin-like kinase 1


分子量: 36634.871 Da / 分子数: 2 / 変異: P675L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCLK1, DCAMKL1, DCDC3A, KIAA0369 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O15075, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6M NaH2PO4/K2HPO4, PH 7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.22
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 55177 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Num. unique obs: 3594 / CC1/2: 0.794

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FG9

4fg9


解像度: 2.206→47.145 Å / FOM work R set: 0.8082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 1229 2.26 %
Rwork0.1795 52973 -
obs0.1819 54274 98.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.74 Å2 / Biso mean: 35.12 Å2 / Biso min: 8.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.206→47.145 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4909 0 28 382 5319
Biso mean--54.75 37.91 -
残基数----621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6686832
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028783
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9371877
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2088-2.29720.2643910.24835133522485
2.2972-2.40170.28731360.24495824596097
2.4017-2.52830.29531330.23865909604298
2.5283-2.68660.24051450.22715921606697
2.6866-2.89390.2411550.21535951610697
2.8939-3.18480.20831400.19815899603998
3.1848-3.6450.18761360.17076002613898
3.645-4.58970.15571350.13096085622098
4.5897-30.0540.1751460.15696249639597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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