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- PDB-6kyl: Crystal Structure of Phosphatidic acid Transporter Ups1/Mdm35 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kyl
タイトルCrystal Structure of Phosphatidic acid Transporter Ups1/Mdm35 in Complex with (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate
要素
  • Mitochondrial distribution and morphology protein 35
  • Protein UPS1, mitochondrial
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Lipid transport
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / phosphatidic acid transfer activity / cardiolipin metabolic process / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / mitochondrial respiratory chain complex assembly / intermembrane lipid transfer / phospholipid transport / phospholipid translocation / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space ...TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / phosphatidic acid transfer activity / cardiolipin metabolic process / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / mitochondrial respiratory chain complex assembly / intermembrane lipid transfer / phospholipid transport / phospholipid translocation / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PRELI/MSF1 domain / Slowmo/Ups family / PRELI-like family / PRELI/MSF1 domain profile. / Mitochondrial distribution/morphology family 35/apoptosis / Uncharacterised protein family (UPF0203) / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate / Mitochondrial distribution and morphology protein 35 / Protein UPS1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Lu, J. / Chan, K.C. / Zhai, Y. / Fan, J. / Sun, F.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Molecular mechanism of mitochondrial phosphatidate transfer by Ups1.
著者: Lu, J. / Chan, C. / Yu, L. / Fan, J. / Sun, F. / Zhai, Y.
履歴
登録2019年9月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年10月2日ID: 5JQO
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial distribution and morphology protein 35
B: Protein UPS1, mitochondrial
C: Mitochondrial distribution and morphology protein 35
D: Protein UPS1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6966
ポリマ－62,9594
非ポリマー7372
水00
1
A: Mitochondrial distribution and morphology protein 35
B: Protein UPS1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8483
ポリマ－31,4802
非ポリマー3681
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
2
C: Mitochondrial distribution and morphology protein 35
D: Protein UPS1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8483
ポリマ－31,4802
非ポリマー3681
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.140, 90.140, 81.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial distribution and morphology protein 35


分子量: 9723.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: MDM35, YKL053C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60200
#2: タンパク質 Protein UPS1, mitochondrial / Unprocessed MGM1 protein 1


分子量: 21755.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: UPS1, YLR193C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05776
#3: 化合物 ChemComp-44E / (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジン酸


分子量: 368.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H29O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-tris Propane, 30%-32% v/v Tacsimate, pH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.549→50 Å / Num. obs: 8015 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
3.55-3.616.90.674070.8490.2730.7240.884
3.61-3.6870.5783910.8340.2360.6250.96
3.68-3.756.90.5244030.8460.2150.5670.899
3.75-3.826.80.3853900.9340.1590.4170.946
3.82-3.916.70.3424000.9450.1430.3710.915
3.91-46.40.2563910.9610.1090.2781.003
4-4.16.20.2224120.9770.0970.2430.98
4.1-4.216.50.1663900.9860.0710.1811.065
4.21-4.3370.1394030.990.0560.151.104
4.33-4.477.20.1233830.9910.050.1331.154
4.47-4.637.10.1083980.9950.0440.1171.203
4.63-4.827.10.0953970.9940.0380.1021.256
4.82-5.0470.0824140.9950.0340.0891.168
5.04-5.36.90.0814010.9960.0330.0881.091
5.3-5.636.70.0773970.9950.0320.0840.976
5.63-6.076.10.0674060.9960.030.0740.916
6.07-6.686.60.0523890.9980.0220.0570.877
6.68-7.6470.0434150.9980.0180.0470.82
7.64-9.616.80.0324000.9990.0130.0340.833
9.61-506.10.0294280.9990.0130.0320.917

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JQL

5jql


解像度: 3.55→45.07 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3103 776 10.01 %
Rwork0.2869 --
obs0.2892 7750 96.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.09 Å2 / Biso mean: 34.7814 Å2 / Biso min: 21.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.55→45.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3281 0 44 0 3325
Biso mean--37.44 --
残基数----440
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.55-3.77120.38551120.304298782
3.7712-4.06220.30771310.30721191100
4.0622-4.47070.30361320.26541177100
4.4707-5.11690.25961310.25371194100
5.1169-6.44370.29861320.31211215100
6.4437-45.070.33161380.2919121099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.6368 Å / Origin y: 45.9889 Å / Origin z: -9.4485 Å
111213212223313233
T0.2932 Å2-0.371 Å2-0.0573 Å2-0.3012 Å2-0.0545 Å2--0.1446 Å2
L0.3154 °20.3655 °2-0.4426 °2-0.3172 °2-0.4436 °2--0.5652 °2
S0.0215 Å °-0.0168 Å °0.0356 Å °-0.0013 Å °0.007 Å °0.0393 Å °-0.0013 Å °-0.0105 Å °-0.0164 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 74
2X-RAY DIFFRACTION1allB0 - 166
3X-RAY DIFFRACTION1allC5 - 74
4X-RAY DIFFRACTION1allD0 - 166
5X-RAY DIFFRACTION1allE1
6X-RAY DIFFRACTION1allF2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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