PDB-6kxz: HUMAN PARALLEL STRANDED 7-MER G-QUADRUPLEX COMPLEXED WITH 2 EPIRU...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kxz

タイトル

HUMAN PARALLEL STRANDED 7-MER G-QUADRUPLEX COMPLEXED WITH 2 EPIRUBICIN (EPI) MOLECULES

要素

[TTAGGGT]4-EPI-Complex

キーワード

DNA (デオキシリボ核酸) /

G-QUADRUPLEX (グアニン四重鎖) /

EPIRUBICIN (エピルビシン) / EPIADRIAMYCIN

機能・相同性

4'-EPIDOXORUBICIN /

デオキシリボ核酸

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR /

simulated annealing

Model type details

CHAIN A, B, C, D, L

データ登録者

Barthwal, R. / Raje, S. / Pandav, K.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for stabilization of human telomeric G-quadruplex [d-(TTAGGGT)] 4 by anticancer drug epirubicin.
著者: Barthwal, R. / Raje, S. / Pandav, K.

履歴

登録	2019年9月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年2月3日	Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.type
改定 2.1	2021年9月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kxz.cif.gz	305.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kxz.ent.gz	253.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kxz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/6kxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/6kxz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6fbk-d 5amj-1 1oay-2 2a9i-d 3hpk-1 1xyi-d 2kkx-d 6jxx-d 2kzr-d 2jml-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36287HUMAN PARALLEL STRANDED 7-MER G-QUADRUPLEX COMPLEXED WITH 2 EPIRUBICIN (DM2) MOLECULES

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: [TTAGGGT]4-EPI-Complex

B: [TTAGGGT]4-EPI-Complex

C: [TTAGGGT]4-EPI-Complex

D: [TTAGGGT]4-EPI-Complex

ヘテロ分子

9.76 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 35	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: DNA鎖	[TTAGGGT]4-EPI-Complex 分子量: 2168.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DT5 = THY at 5' Ter DT3 = THY at 3' Ter / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-DM6 / 4'-EPIDOXORUBICIN / 4'-EPIADRIAMYCIN / エピルビシン分子量: 544.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₀NO₁₁ / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	1D
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 1.11 mM (DT5)TAGGG(DT3), 2.22 mM Epirubicin, 90% H2O/10% D2O
Label: 1H / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.11 mM	(DT5)TAGGG(DT3)	natural abundance	1
2.22 mM	Epirubicin	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 100 mM / Label: Condition_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber		CASE, DARDEN, CHEATHAM III, SIMMERLING, WANG, DUKE, LUO, ... AND KOLLMAN	精密化
TopSpin	3.6		構造決定

精密化

手法:

simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 35 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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