PDB-6kwt: Crystal structure of Gre2 in complex with NADPH complex from Cand...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kwt

タイトル

Crystal structure of Gre2 in complex with NADPH complex from Candida albicans

要素

Methylglyoxal reductase (NADPH-dependent)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Gre2 / methylglyoxal reductase / NADPH

機能・相同性

3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family / : / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / Chem-NDP / Methylglyoxal reductase (NADPH-dependent)

機能・相同性情報

生物種

Candida albicans SC5314 (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Nguyen, G.T. / Chang, J.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Crystals / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of NADPH-Dependent Methylglyoxal Reductase Gre2 from Candida Albicans
著者: Nguyen, G.T. / Kim, S. / Jin, H. / Cho, D.H. / Chun, H.S. / Kim, W.K. / Chang, J.H.

履歴

登録	2019年9月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kwt.cif.gz	148.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kwt.ent.gz	117.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kwt_validation.pdf.gz	745.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kwt_full_validation.pdf.gz	751.8 KB	表示
XML形式データ	6kwt_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	6kwt_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kwt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kwsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mkt-d 6eug-d 6x8e-2 5dj4-2 5t0n-5 6tzg-1 3p24-2 2r14-d 4pvd-1 2rdw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methylglyoxal reductase (NADPH-dependent)

ヘテロ分子

38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.447, 152.447, 152.447
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	Methylglyoxal reductase (NADPH-dependent) 分子量: 37316.074 Da / 分子数: 1 / 断片: 295 / 変異: Q52K, 295Edeletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans SC5314 (酵母) / 株: SC5314 / 遺伝子: orf19.5611, CAALFM_C603240WA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ABT9
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.3 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH5.6), 20% v/v 2-propanol, 20% w/v polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.02→50 Å / Num. obs: 11745 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 32
反射シェル	解像度: 3.02→3.07 Å / Num. unique obs: 592 / CC_1/2: 0.815

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.02→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2108	1403	-
R_work	0.1724	-	-
obs	0.1762	11745	100 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.02→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2636	0	48	0	2684

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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