PDB-6ku9: Structure of the African swine fever virus major capsid protein p72

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ku9

タイトル

Structure of the African swine fever virus major capsid protein p72

要素

B646L

キーワード

VIRAL PROTEIN / capsid protein

機能・相同性

Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / viral capsid / structural molecule activity / B646L

機能・相同性情報

生物種

African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

Liu, Q. / Xiang, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Res / 年: 2019
タイトル: Structure of the African swine fever virus major capsid protein p72.
著者: Qi Liu / Bingting Ma / Nianchao Qian / Fan Zhang / Xu Tan / Jianlin Lei / Ye Xiang /

履歴

登録	2019年8月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月6日	Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-0776 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ku9.cif.gz	270.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ku9.ent.gz	215.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ku9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ku9_validation.pdf.gz	1016 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ku9_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6ku9_validation.xml.gz	48.6 KB	表示
CIF形式データ	6ku9_validation.cif.gz	75.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/6ku9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/6ku9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	0776MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5u4j-d 5rvz-d 3tab-2 4boc-d 6g0a-d 5rvw-d 3taf-2 3tag-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: B646L

B: B646L

C: B646L

237 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, blue native PAGE

#1: タンパク質	B646L / p72 / B646L CDS protein / Major capsid protein p72 分子量: 78930.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 遺伝子: p72, B646L, B646L CDS, ASFV-Georgia_4-106 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5IZK2

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: p72 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.73 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293f
ウイルスについての詳細	単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液	pH: 7.4
試料	濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: GraFix sample
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281.15 K / 詳細: blot 4.5s

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性	点対称性: C₃ (3回回転対称)
3次元再構成	解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 693388 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築	プロトコル: AB INITIO MODEL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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