PDB-6ku3: Crystal structure of gibberellin 2-oxidase3 (GA2ox3)in rice

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ku3

タイトル

Crystal structure of gibberellin 2-oxidase3 (GA2ox3)in rice

要素

Gibberellin 2-beta-dioxygenase 3

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Jelly Rolls / Metal Ion Binding / Oxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

gibberellin 2beta-dioxygenase / gibberellin catabolic process / gibberellin 2-beta-dioxygenase activity / C-19 gibberellin 2-beta-dioxygenase activity / gibberellin metabolic process / dioxygenase activity / response to light stimulus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryza sativa subsp. japonica (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Takehara, S. / Mikami, B. / Sakuraba, S. / Matsuoka, M. / Ueguchi-Tanaka, M.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A common allosteric mechanism regulates homeostatic inactivation of auxin and gibberellin.
著者: Takehara, S. / Sakuraba, S. / Mikami, B. / Yoshida, H. / Yoshimura, H. / Itoh, A. / Endo, M. / Watanabe, N. / Nagae, T. / Matsuoka, M. / Ueguchi-Tanaka, M.

履歴

登録	2019年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ku3.cif.gz	261.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ku3.ent.gz	217.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ku3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ku3_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ku3_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	6ku3_validation.xml.gz	54.3 KB	表示
CIF形式データ	6ku3_validation.cif.gz	73.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/6ku3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/6ku3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kunC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tq4-d 3k2q-d 1yni-d 4hdr-d 5cks-d 2yvk-d 5hr7-d 6iaq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gibberellin 2-beta-dioxygenase 3

B: Gibberellin 2-beta-dioxygenase 3

C: Gibberellin 2-beta-dioxygenase 3

D: Gibberellin 2-beta-dioxygenase 3

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.470, 112.739, 149.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Gibberellin 2-beta-dioxygenase 3 / Gibberellin 2-beta-hydroxylase 3 / Gibberellin 2-oxidase 3 / OsGA2ox3 分子量: 35365.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) 遺伝子: GA2OX3, Os01g0757200, LOC_Os01g55240, OJ1414_E05.17 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8S0S6, gibberellin 2beta-dioxygenase

#1: タンパク質

Gibberellin 2-beta-dioxygenase 3 / Gibberellin 2-beta-hydroxylase 3 / Gibberellin 2-oxidase 3 / OsGA2ox3

分子量: 35365.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: GA2OX3, Os01g0757200, LOC_Os01g55240, OJ1414_E05.17
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8S0S6, gibberellin 2beta-dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 428分子

#2: 化合物	ChemComp-GA4 / GIBBERELLIN A4 / ジベレリンA₄ 分子量: 332.391 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5) and 12% (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 91795 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 1.326 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 456613

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.15-2.19	4.9	0.618	4540	0.783	0.303	0.689	0.526	100
2.19-2.23	4.9	0.565	4513	0.817	0.276	0.63	0.544	100
2.23-2.27	5	0.415	4547	0.861	0.202	0.462	0.57	99.9
2.27-2.32	5	0.366	4541	0.919	0.179	0.408	0.57	100
2.32-2.37	5	0.32	4549	0.925	0.156	0.356	0.578	100
2.37-2.42	5	0.275	4545	0.944	0.134	0.306	0.594	100
2.42-2.48	5	0.245	4550	0.953	0.12	0.274	0.621	100
2.48-2.55	5	0.22	4584	0.966	0.107	0.245	0.622	100
2.55-2.62	5.1	0.194	4563	0.97	0.094	0.216	0.666	100
2.62-2.71	5.1	0.167	4536	0.976	0.081	0.186	0.727	100
2.71-2.81	5.1	0.144	4554	0.983	0.07	0.161	0.836	100
2.81-2.92	5.1	0.127	4587	0.984	0.062	0.142	0.922	100
2.92-3.05	5.1	0.11	4590	0.987	0.053	0.122	1.113	100
3.05-3.21	5.1	0.095	4606	0.989	0.047	0.107	1.401	100
3.21-3.41	5.1	0.084	4600	0.991	0.041	0.093	1.727	100
3.41-3.68	5	0.078	4606	0.991	0.039	0.088	2.105	100
3.68-4.05	4.9	0.076	4618	0.992	0.038	0.085	2.797	99.9
4.05-4.63	4.8	0.07	4634	0.993	0.036	0.079	3.36	99.8
4.63-5.83	4.8	0.068	4711	0.993	0.035	0.077	3.244	99.8
5.83-50	4.4	0.062	4821	0.993	0.034	0.071	3.305	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
Coot		モデル構築
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→38.8755 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	4590	5.01 %
R_work	0.1969	87097	-
obs	0.1992	91687	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 207.36 Å² / B_iso mean: 44.209 Å² / B_iso min: 18.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→38.8755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9647	0	274	402	10323
B_iso mean	-	-	51.65	44.89	-
残基数	-	-	-	-	1262

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1505-2.1749	0.2816	149	0.2637	2845	2994	99
2.1749-2.2005	0.3326	168	0.2561	2890	3058	100
2.2005-2.2273	0.3141	153	0.2555	2830	2983	100
2.2273-2.2555	0.2895	160	0.2472	2896	3056	100
2.2555-2.2852	0.3043	166	0.2401	2828	2994	100
2.2852-2.3165	0.2943	151	0.2277	2882	3033	100
2.3165-2.3496	0.2838	153	0.2282	2905	3058	100
2.3496-2.3846	0.3076	138	0.222	2869	3007	100
2.3846-2.4219	0.2933	165	0.2244	2864	3029	100
2.4219-2.4616	0.3098	138	0.2209	2916	3054	100
2.4616-2.504	0.2908	127	0.2203	2881	3008	100
2.504-2.5495	0.2875	150	0.2234	2914	3064	100
2.5495-2.5986	0.2761	152	0.2204	2870	3022	100
2.5986-2.6516	0.3019	147	0.2247	2901	3048	100
2.6516-2.7092	0.2717	131	0.2238	2897	3028	100
2.7092-2.7723	0.3057	146	0.219	2899	3045	100
2.7723-2.8416	0.2481	151	0.2189	2901	3052	100
2.8416-2.9184	0.305	164	0.2239	2875	3039	100
2.9184-3.0042	0.2442	144	0.2285	2923	3067	100
3.0042-3.1011	0.282	136	0.2205	2905	3041	100
3.1011-3.2119	0.2644	156	0.2163	2934	3090	100
3.2119-3.3405	0.2447	163	0.2151	2871	3034	100
3.3405-3.4924	0.2648	166	0.2028	2895	3061	100
3.4924-3.6764	0.2262	169	0.1933	2929	3098	100
3.6764-3.9065	0.2389	182	0.1774	2886	3068	100
3.9065-4.2078	0.2167	153	0.1711	2925	3078	100
4.2078-4.6307	0.1825	152	0.1463	2947	3099	100
4.6307-5.2993	0.1796	158	0.1458	2973	3131	100
5.2993-6.6711	0.1967	142	0.1717	3015	3157	100
6.6711-38.8755	0.2192	160	0.194	3031	3191	97

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関連情報:EMDBヘッダ

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