[日本語] English
万見
- PDB-6kto: Crystal structure of human SHLD3-C-REV7-O-REV7-SHLD2 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kto
タイトルCrystal structure of human SHLD3-C-REV7-O-REV7-SHLD2 complex
要素
  • Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
  • Shieldin complex subunit 2
  • Shieldin complex subunit 3
キーワードREPLICATION / Shieldin / Complex / Conformational dimer / NHEJ
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / telomere maintenance in response to DNA damage / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of isotype switching / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / JUN kinase binding ...somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / telomere maintenance in response to DNA damage / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of isotype switching / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / JUN kinase binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / error-prone translesion synthesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / regulation of cell growth / actin filament organization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein catabolic process / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / spindle / double-strand break repair / actin cytoskeleton / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / chromosome / site of double-strand break / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell division / DNA repair / chromatin / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Shieldin complex subunit 2 / Protein FAM35A, C-terminal domain / : / Shieldin complex subunit 2, C-terminal / Shieldin complex subunit 2, first OB fold domain / Shieldin complex subunit 3 / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Shieldin complex subunit 3 / Shieldin complex subunit 2 / Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.44976331487 Å
データ登録者Liang, L. / Yin, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for assembly of the shieldin complex and its implications for NHEJ.
著者: Liang, L. / Feng, J. / Zuo, P. / Yang, J. / Lu, Y. / Yin, Y.
履歴
登録2019年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
B: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
C: Shieldin complex subunit 3
D: Shieldin complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7314
ポリマ－65,7314
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering, isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10320 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area21760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.843, 93.843, 325.377
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

-
要素

#1: タンパク質 Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B / Mitotic arrest deficient 2-like protein 2 / MAD2-like protein 2 / REV7 homolog / hREV7


分子量: 26187.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAD2L2, MAD2B, REV7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI95
#2: タンパク質 Shieldin complex subunit 3 / REV7-interacting novel NHEJ regulator 1 / Shield complex subunit 3


分子量: 7402.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHLD3, FLJ26957, RINN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZNX1
#3: タンパク質 Shieldin complex subunit 2 / Protein FAM35A / RINN1-REV7-interacting novel NHEJ regulator 2 / Shield complex subunit 2


分子量: 5953.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHLD2, FAM35A, RINN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86V20

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES 7.5, 22% w/v Poly (acrylic acid sodium salt) 5100

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.44→50 Å / Num. obs: 11237 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 58.7354852027 Å2 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 12.75
反射 シェル解像度: 3.45→3.72 Å / Num. unique obs: 2312 / Rpim(I) all: 0.452

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3vu7

3vu7


解像度: 3.44976331487→46.4411009446 Å / SU ML: 0.408163546905 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36702633773 / 位相誤差: 24.9565654608
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268599868523 591 5.25941087479 %
Rwork0.241566498418 10646 -
obs0.242976454103 11237 93.8920454545 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.6481043069 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.44976331487→46.4411009446 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3710 0 0 0 3710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01301239053643799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49381054265163
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.370498071853603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00881563399627650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.91070703191439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4498-3.79680.3431399535761080.287091349792042X-RAY DIFFRACTION74.6268656716
3.7968-4.34580.2942989720761670.2373151908982750X-RAY DIFFRACTION100
4.3458-5.47390.2007026004361500.2162796903082827X-RAY DIFFRACTION100
5.4739-46.440.2811776569661660.2471645291893027X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る