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万見
- PDB-6ktm: The ligand-free structure of human PPARgamma ligand-binding domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ktm
タイトルThe ligand-free structure of human PPARgamma ligand-binding domain R288A mutant in the presence of the SRC-1 coactivator peptide
要素
  • 16-mer peptide from Nuclear receptor coactivator 1
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / Type 2 diabetes mellitus
機能・相同性
機能・相同性情報


labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of female receptivity / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation ...labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of female receptivity / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / hypothalamus development / male mating behavior / response to lipid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / white fat cell differentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts / cell fate commitment / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / estrous cycle / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of MAPK cascade / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / BMP signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / retinoic acid receptor signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cell maturation / cellular response to hormone stimulus / epithelial cell differentiation / negative regulation of signaling receptor activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of angiogenesis / cerebellum development / response to nutrient / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / Regulation of PTEN gene transcription / hippocampus development / transcription coregulator binding / response to progesterone / fatty acid metabolic process / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / peptide binding
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jang, J.Y. / Han, B.W.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for the Regulation of PPAR gamma Activity by Imatinib.
著者: Jang, J.Y. / Kim, H.J. / Han, B.W.
履歴
登録2019年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: 16-mer peptide from Nuclear receptor coactivator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0992
ポリマ－34,0992
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.470, 52.696, 53.669
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 32194.236 Da / 分子数: 1 / 変異: R316A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド 16-mer peptide from Nuclear receptor coactivator 1


分子量: 1905.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.2 M sodium malonate (pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 10775 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 41.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.704 / Num. unique obs: 521 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JQ7

6jq7


解像度: 2.7→30.002 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 15.931 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.744 / ESU R Free: 0.329 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2575 551 5.133 %
Rwork0.2166 --
all0.219 --
obs-10735 99.49 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 72.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.565 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.978 Å20 Å2
3---2.587 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2174 0 0 20 2194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0132210
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.6352977
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2131.5775017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.665268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.33624.245106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.01415431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.745158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2552
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1990.21895
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.21084
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0170.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3350.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.380.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2540.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6027.3821081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5987.3791080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.14811.0531346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.14511.0581347
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4158.0461128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.4098.0371126
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.72611.7851630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.7211.7841630
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.43988.3472512
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other12.4488.2832510
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.7-2.770.3280.327470.3197800.7490.73399.3590.272
2.77-2.8450.365410.3137040.3167450.780.7961000.262
2.845-2.9260.289450.2736840.2747290.8660.8621000.224
2.926-3.0160.246350.2576900.2577250.8970.8781000.218
3.016-3.1130.458320.2776650.2856970.7680.8511000.233
3.113-3.2220.354290.2476370.2526670.8430.87899.85010.21
3.222-3.3420.276410.256010.2526420.8960.8951000.212
3.342-3.4760.219400.2325970.2316370.9180.9021000.202
3.476-3.6290.332330.2345650.2395980.8620.8981000.214
3.629-3.8030.309390.2265390.2325780.8560.9121000.213
3.803-4.0050.294300.25290.2055590.9140.931000.187
4.005-4.2430.209230.1844990.1855240.950.94599.61830.178
4.243-4.530.198350.1744620.1764980.9540.95699.79920.178
4.53-4.8840.173140.1764630.1764770.9440.9571000.18
4.884-5.3360.29150.1794180.1834330.9330.9541000.187
5.336-5.9420.235110.2383870.2373980.9160.9321000.241
5.942-6.8170.341150.2433430.2483580.860.9061000.238
6.817-8.2430.229200.1812820.1843020.9270.9511000.201
8.243-11.2410.134140.1642230.1622570.9820.97192.21790.186
11.241-30.0020.36110.2861490.291740.8810.92991.9540.335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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