[日本語] English
万見
- PDB-6ktn: Human PPARgamma ligand-binding domain R288A mutant in complex wit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ktn
タイトルHuman PPARgamma ligand-binding domain R288A mutant in complex with imatinib
要素
  • 16-mer peptide from Nuclear receptor coactivator 1
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / Type 2 diabetes mellitus
機能・相同性
機能・相同性情報


labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly ...labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / male mating behavior / response to lipid / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / hypothalamus development / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / Synthesis of bile acids and bile salts / white fat cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of lipid storage / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / cell fate commitment / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding / histone acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / estrogen receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / lactation / : / positive regulation of adipose tissue development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / response to nutrient / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / negative regulation of miRNA transcription / cerebellum development / negative regulation of angiogenesis / placenta development / nuclear estrogen receptor binding / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of apoptotic signaling pathway / nuclear receptor binding / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hippocampus development / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / : / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-STI / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.752 Å
データ登録者Jang, J.Y. / Han, B.W.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for the Regulation of PPAR gamma Activity by Imatinib.
著者: Jang, J.Y. / Kim, H.J. / Han, B.W.
履歴
登録2019年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: 16-mer peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5933
ポリマ－34,0992
非ポリマー4941
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.928, 52.779, 53.438
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 32194.236 Da / 分子数: 1 / 変異: R316A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド 16-mer peptide from Nuclear receptor coactivator 1


分子量: 1905.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-STI / 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE / STI-571 / IMATINIB


分子量: 493.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.2 M sodium malonate (pH 7.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 10176 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.679 / Num. unique obs: 507 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JQ7

6jq7


解像度: 2.752→30.002 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 11.654 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 3.172 / ESU R Free: 0.362 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 459 4.742 %
Rwork0.2205 --
all0.222 --
obs-9680 95.482 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.711 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.559 Å20 Å20 Å2
2---0.126 Å20 Å2
3----0.433 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.752→30.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2216 0 37 30 2283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0132295
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0172239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.6623088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3441.6065205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9355272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65723.853109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.70215443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.772159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other1.7190.29
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2584
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2020.22184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.21150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0960.21036
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.210.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3390.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2094.5231097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2084.521096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3676.7581366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3666.7621367
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5535.041197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5525.0411198
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.877.3631721
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8697.3641722
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.12854.7212679
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.12654.7172680
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.752-2.8220.201190.2194110.2187370.9210.91958.34460.194
2.822-2.8990.288260.2565790.2587030.8890.986.05970.221
2.899-2.9820.296370.2596140.2616880.8360.89494.62210.22
2.982-3.0730.203360.2456250.2436610.9260.9071000.21
3.073-3.1730.217360.2376080.2366480.9270.9299.38270.198
3.173-3.2830.302310.2396180.2426490.8720.9141000.205
3.283-3.4050.377200.2335770.2385970.8680.9061000.201
3.405-3.5420.322200.245760.2435960.8740.9151000.216
3.542-3.6980.274300.2275300.2295600.8960.9281000.202
3.698-3.8750.225260.2065160.2075420.9440.9481000.188
3.875-4.0810.186240.1875080.1875320.9510.9561000.182
4.081-4.3230.238250.1894640.1924890.9430.9561000.184
4.323-4.6150.22300.1924290.1944590.9540.9561000.198
4.615-4.9750.193120.1864320.1864440.9390.9541000.191
4.975-5.4350.303170.2354020.2374190.9190.9421000.244
5.435-6.0520.554180.2923500.3023680.830.9051000.291
6.052-6.9410.261180.2623150.2623330.890.9191000.27
6.941-8.390.23870.1952900.1962970.9410.961000.227
8.39-11.4260.213140.1672220.1692360.9660.9781000.199
11.426-30.0020.243130.3071550.3011680.9590.9311000.383

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る