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- PDB-6ksn: Structure of a Zn-bound camelid single domain antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ksn
タイトルStructure of a Zn-bound camelid single domain antibody
要素ICab3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Indian Camelid Single domain Antibody / VHH
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kumar, S. / Athreya, A. / Penmatsa, A.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Wellcome TrustIA/1/15/2/502063 インド
Department of Biotechnology (India)BT/09/IYBA/2015/13 インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Isolation and structural characterization of a Zn2+-bound single-domain antibody against NorC, a putative multidrug efflux transporter in bacteria.
著者: Kumar, S. / Mahendran, I. / Athreya, A. / Ranjan, R. / Penmatsa, A.
履歴
登録2019年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ICab3
B: ICab3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,59523
ポリマ－29,3242
非ポリマー1,27121
水2,180121
1
A: ICab3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,22410
ポリマ－14,6621
非ポリマー5629
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6560 Å2
手法PISA
2
B: ICab3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,37113
ポリマ－14,6621
非ポリマー70912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.880, 106.880, 70.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTRPTRP(chain 'A' and (resid 4 through 91 or (resid 92...AA4 - 1254 - 125
12GLYGLYSERSER(chain 'A' and (resid 4 through 91 or (resid 92...AA128 - 134128 - 134
23SERSERTRPTRP(chain 'B' and (resid 4 or (resid 5 and (name...BB4 - 1254 - 125
24GLYGLYSERSER(chain 'B' and (resid 4 or (resid 5 and (name...BB128 - 134128 - 134

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要素

#1: タンパク質 ICab3


分子量: 14662.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
遺伝子: VHH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25 / 詳細: 0.1M Tris, pH8.25, 3.5M Na Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 25502 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 31.12 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.0123 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 1.146 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2171 / CC1/2: 0.624 / Rpim(I) all: 0.422 / Rrim(I) all: 1.223 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JBE

3jbe


解像度: 2.15→46.28 Å / SU ML: 0.2226 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4642
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 1295 5.08 %
Rwork0.1932 --
obs0.1952 25479 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 59.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1999 0 75 121 2195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00632109
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91422818
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.83521394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.240.27231290.26342641X-RAY DIFFRACTION98.86
2.24-2.340.2851550.24482627X-RAY DIFFRACTION98.86
2.34-2.460.28781340.25332652X-RAY DIFFRACTION98.83
2.46-2.620.30261300.23842696X-RAY DIFFRACTION99.16
2.62-2.820.26521610.22362626X-RAY DIFFRACTION99.68
2.82-3.10.2731320.22452709X-RAY DIFFRACTION99.61
3.1-3.550.24051550.18422690X-RAY DIFFRACTION99.93
3.55-4.470.1921590.15652714X-RAY DIFFRACTION100
4.47-46.280.19531400.16792829X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.78987484667 Å / Origin y: -42.5000931767 Å / Origin z: 12.0704106222 Å
111213212223313233
T0.228548882658 Å2-0.0586053134316 Å20.0374880982839 Å2-0.754094575263 Å2-0.0341910240884 Å2--0.440625120325 Å2
L4.60094700689 °20.229964070832 °21.94934274451 °2-0.89671584183 °2-0.032479798848 °2--0.885528012713 °2
S-0.0376380318862 Å °0.311262166194 Å °0.298202314603 Å °-0.109376302786 Å °-0.0144334959777 Å °0.093552700847 Å °-0.490778683779 Å °-0.11821787594 Å °0.0653272631851 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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