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万見
- PDB-6ksm: Staphylococcus aureus lipase -Orlistat complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ksm
タイトルStaphylococcus aureus lipase -Orlistat complex
要素Lipase 2リパーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Orlistat binding
機能・相同性
機能・相同性情報


トリアシルグリセロールリパーゼ / triglyceride lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
butanoic acid / ラウリン酸 / Chem-DH9 / ステアリン酸 / トリアシルグリセロールリパーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Kitadokoro, K. / Tanaka, M. / Kamitani, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of pathogenic Staphylococcus aureus lipase complex with the anti-obesity drug orlistat.
著者: Kitadokoro, K. / Tanaka, M. / Hikima, T. / Okuno, Y. / Yamamoto, M. / Kamitani, S.
履歴
登録2019年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase 2
B: Lipase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,09515
ポリマ－91,5952
非ポリマー2,50013
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area33000 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)132.510, 132.510, 248.243
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lipase 2 / リパーゼ


分子量: 45797.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: lip, BN1321_80040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0U1MWF9, トリアシルグリセロールリパーゼ

-
非ポリマー , 7種, 73分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DH9 / (2S,3S,5S)-5-[(N-FORMYL-L-LEUCYL)OXY]-2-HEXYL-3-HYDROXYHEXADECANOIC ACID


分子量: 513.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H55NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸 / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-BUA / butanoic acid / 酪酸 / 酪酸


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸 / ステアリン酸


分子量: 284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細E68Q was genetic variant.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 2.0M Sodium Formate, 0.1M Sodium Acetate pH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 205262 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.23→2.37 Å / Num. unique obs: 32762 / CC1/2: 0.424 / Rrim(I) all: 2.573

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KSI

6ksi


解像度: 2.23→48.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2586 5386 5 %RANDOM
Rwork0.2259 102334 --
obs0.2275 107720 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.5 Å2 / Biso mean: 47.0476 Å2 / Biso min: 14.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20 Å20 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→48.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6040 0 164 60 6264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0196355
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6031.958577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.928313402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7495762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10724.145304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.69715992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.9511530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2370.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0217080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0230.021334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2994.4343054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.294.4333053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7876.633814
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 382 -
Rwork0.42 7260 -
all-7642 -
obs--97.02 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
116.86426.654-11.562
264.33536.394-24.218
336.95934.885-28.32
443.9328.553-7.859
541.00832.606-16.54
637.18331.67-27.497
744.2837.805-28.421
832.37532.449-17.303
939.79232.46-19.925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 385
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 385
3X-RAY DIFFRACTION3A401
4X-RAY DIFFRACTION3B401
5X-RAY DIFFRACTION4A402
6X-RAY DIFFRACTION4B402
7X-RAY DIFFRACTION5A403
8X-RAY DIFFRACTION5B403
9X-RAY DIFFRACTION6A404 - 405
10X-RAY DIFFRACTION6B404 - 405
11X-RAY DIFFRACTION7B406
12X-RAY DIFFRACTION8A501 - 534
13X-RAY DIFFRACTION8B501 - 526
14X-RAY DIFFRACTION9A406
15X-RAY DIFFRACTION9B407

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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