PDB-6ksi: Staphylococcus aureus lipase - native

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ksi

タイトル

Staphylococcus aureus lipase - native

要素

Lipase 2

キーワード

HYDROLASE / fatty acid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Kitadokoro, K. / Tanaka, M. / Kamitani, S.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of pathogenic Staphylococcus aureus lipase complex with the anti-obesity drug orlistat.
著者: Kitadokoro, K. / Tanaka, M. / Hikima, T. / Okuno, Y. / Yamamoto, M. / Kamitani, S.

履歴

登録	2019年8月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ksi.cif.gz	253.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ksi.ent.gz	191.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ksi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ksi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ksi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kslC 6ksmC 2hihS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ksm-d 2qmf-d 5szu-d 3l5d-d 5hdx-d 3lpj-d 4frs-d 5he4-d 6rtv-d 2qmd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipase 2

B: Lipase 2

ヘテロ分子

93.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.913, 129.913, 251.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lipase 2 分子量: 45797.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: lip, BN1321_80040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U1MWF9, triacylglycerol lipase

-
非ポリマー , 9種, 92分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-6NA / HEXANOIC ACID / ヘキサン酸分子量: 116.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸分子量: 200.318 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-LEA / PENTANOIC ACID / VALERIC ACID / 吉草酸分子量: 102.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸分子量: 144.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-BUA / butanoic acid / 酪酸分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	E68Q was genetic variant.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 80 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2.0M Sodium Formate, 0.1M Sodium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 246153 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 47.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.08→2.21 Å / 冗長度: 7.1 % / Num. unique obs: 39648 / CC_1/2: 0.481 / R_rim(I) all: 2.566 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2hih

2hih

解像度: 2.08→47.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2502	6444	5 %	RANDOM
R_work	0.231	122411	-	-
obs	0.232	128855	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.41 Å² / B_iso mean: 47.4009 Å² / B_iso min: 25.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→47.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6048	0	126	76	6250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.019	6322
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.896	1.944	8534
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.054	3	13262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.036	5	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.647	24.183	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.718	15	996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.158	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.323	0.2	876
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	7080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.481	4.52	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.447	4.514	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.45	6.742	3816

LS精密化シェル

解像度: 2.081→2.135 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.421	466	-
R_work	0.412	8840	-
all	-	9306	-
obs	-	-	98.75 %

精密化 TLS

L11: 0 °² / L12: 0 °² / L13: 0 °² / L22: 0 °² / L23: 0 °² / L33: 0 °² / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å² / T12: 0 Å² / T13: 0 Å² / T22: 0 Å² / T23: 0 Å² / T33: 0 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	16.617	26.32	-11.849
2	63.66	35.892	-24.215
3	36.704	34.388	-28.265
4	43.25	28.273	-8.441
5	37.225	35.424	-16.631
6	31.09	38.233	-34.263
7	24.683	31.896	-13.307
8	41.668	27.201	-20.461
9	36.687	34.75	-28.421
10	35	40.464	-14.743
11	40.277	31.12	-16.874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 385
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 385
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	401
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	401
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	402
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	402
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	403
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	403
9	X-RAY DIFFRACTION	6	A	404 - 405
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	404
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	501 - 559
12	X-RAY DIFFRACTION	7	B	501 - 517
13	X-RAY DIFFRACTION	8	A	406
14	X-RAY DIFFRACTION	8	B	405
15	X-RAY DIFFRACTION	9	A	407
16	X-RAY DIFFRACTION	9	B	406
17	X-RAY DIFFRACTION	10	A	408
18	X-RAY DIFFRACTION	11	A	409
19	X-RAY DIFFRACTION	11	B	407

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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