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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ks9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of E447A Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 mutant from Mycobacteria smegmatis | ||||||
要素 | Acyl-CoA dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 long-chain acyl-CoA dehydrogenase / medium-chain acyl-CoA dehydrogenase / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / : / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, X. / Chen, X.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Structural basis for the broad substrate specificity of two acyl-CoA dehydrogenases FadE5 from mycobacteria. 著者: Chen, X. / Chen, J. / Yan, B. / Zhang, W. / Guddat, L.W. / Liu, X. / Rao, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ks9.cif.gz | 459.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ks9.ent.gz | 378.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ks9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ks9_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ks9_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ks9_validation.xml.gz | 50.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ks9_validation.cif.gz | 74.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ks9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ks9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6kptC 6kriC 6ksaC 6ksbC 6kseC 6lpyC 6lq0C 6lq1C 6lq2C 6lq3C 6lq4C 6lq5C 6lq6C 6lq7C 6lq8C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66543.203 Da / 分子数: 2 / 変異: E447A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: fadE5, ERS451418_00380 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0D6G5A8, UniProt: Q3L887*PLUS, short-chain acyl-CoA dehydrogenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 % / Mosaicity: 0.375 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Hepes sodium (pH 7.0), 2% v/v PEG 400, and 2 M (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月7日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 100685 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 1119738 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.001→48.846 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 291.32 Å2 / Biso mean: 32.9375 Å2 / Biso min: 13.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.001→48.846 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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