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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6krj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Hexokinase | ||||||
要素 | Phosphotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Hexokinase / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hexokinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, M.F. / Wang, Y.H. / Liao, S.Q. / Yuan, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Hexokinase 著者: Sun, M.F. / Wang, Y.H. / Liao, S.Q. / Yuan, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6krj.cif.gz | 133.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6krj.ent.gz | 82.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6krj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6krj_validation.pdf.gz | 426.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6krj_full_validation.pdf.gz | 429.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6krj_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6krj_validation.cif.gz | 32.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/6krj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/6krj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5hexS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50495.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A172WCE4, UniProt: U6KUE1*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200mM Calcium acetate hydrate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 61084 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 33.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 22.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.85 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 3.18 / Num. unique obs: 62194 / Rpim(I) all: 0.248 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5HEX 解像度: 1.72→37.17 Å / SU ML: 0.2263 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.4742
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→37.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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