PDB-6kpt: Crystal Structure of Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 from Mycobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kpt

タイトル

Crystal Structure of Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 from Mycobacteria smegmatis

要素

Acyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Tuberculosis / beta-oxidation / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

: / long-chain acyl-CoA dehydrogenase / medium-chain acyl-CoA dehydrogenase / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.963 Å

データ登録者

Liu, X. / Chen, X.B.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the broad substrate specificity of two acyl-CoA dehydrogenases FadE5 from mycobacteria.
著者: Chen, X. / Chen, J. / Yan, B. / Zhang, W. / Guddat, L.W. / Liu, X. / Rao, Z.

履歴

登録	2019年8月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kpt.cif.gz	466.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kpt.ent.gz	381.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kpt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kpt_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kpt_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6kpt_validation.xml.gz	54.4 KB	表示
CIF形式データ	6kpt_validation.cif.gz	81.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kpt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kriC 6ks9C 6ksaC 6ksbC 6kseC 6lpyC 6lq0C 6lq1C 6lq2C 6lq3C 6lq4C 6lq5C 6lq6C 6lq7C 6lq8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lq8-d 6kri-d 6lpy-d 6ksa-d 6lq4-d 6ksb-d 6lq3-d 6lq2-d 6lq5-d 6lq7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyl-CoA dehydrogenase

B: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

135 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.202, 97.825, 205.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1211- HOH
2	1	B-1315- HOH

#1: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase 分子量: 66601.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: fadE5, ERS451418_00380 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0D6G5A8, UniProt: Q3L887*PLUS, short-chain acyl-CoA dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1051 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 2M (NH4)2 SO4, 2%(v/v) PEG400, 0.1 M Acetate pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9748 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9748 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→40 Å / Num. obs: 106041 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.118 / Χ²: 0.824 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 571513

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.94-1.97	4.9	0.412	5220	0.896	0.204	0.461	0.819	99.9
1.97-2.01	5.4	0.347	5203	0.932	0.163	0.385	0.845	100
2.01-2.05	5.6	0.324	5268	0.927	0.152	0.359	0.863	100
2.05-2.09	5.5	0.292	5227	0.937	0.137	0.324	0.902	100
2.09-2.14	5.5	0.257	5246	0.949	0.121	0.285	0.904	100
2.14-2.18	5.3	0.226	5260	0.956	0.108	0.251	0.913	100
2.18-2.24	5.3	0.206	5227	0.955	0.099	0.229	0.95	100
2.24-2.3	5.4	0.194	5264	0.966	0.092	0.215	0.978	99.9
2.3-2.37	5.4	0.171	5279	0.973	0.08	0.189	0.94	100
2.37-2.44	5.6	0.156	5272	0.976	0.072	0.172	0.916	100
2.44-2.53	5.5	0.139	5269	0.978	0.065	0.154	0.911	100
2.53-2.63	5.3	0.125	5257	0.982	0.059	0.138	0.884	100
2.63-2.75	5.3	0.114	5285	0.983	0.054	0.126	0.854	100
2.75-2.9	5.3	0.106	5283	0.986	0.05	0.117	0.854	100
2.9-3.08	5.6	0.095	5342	0.987	0.044	0.105	0.802	100
3.08-3.32	5.5	0.084	5321	0.99	0.039	0.093	0.793	100
3.32-3.65	5.3	0.073	5361	0.991	0.035	0.081	0.716	100
3.65-4.18	5.4	0.067	5358	0.993	0.031	0.074	0.653	100
4.18-5.26	5.3	0.06	5438	0.993	0.028	0.066	0.554	99.9
5.26-40	5.2	0.054	5661	0.995	0.026	0.06	0.447	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.963→39.793 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1897	5240	4.96 %
R_work	0.1512	100435	-
obs	0.1532	105675	98.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.43 Å² / B_iso mean: 26.099 Å² / B_iso min: 7.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.963→39.793 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9333	0	167	1055	10555
B_iso mean	-	-	20.41	31.08	-
残基数	-	-	-	-	1217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	9651
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.398	13084
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.323	7805
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1694

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.963-1.9852	0.2392	121	0.1979	1925	58
1.9852-2.0086	0.2411	162	0.1744	3366	99
2.0086-2.0331	0.1935	182	0.166	3316	100
2.0331-2.0588	0.2045	171	0.1586	3348	100
2.0588-2.0859	0.1951	174	0.1598	3381	100
2.0859-2.1145	0.1951	164	0.1533	3374	99
2.1145-2.1447	0.1974	185	0.1563	3304	100
2.1447-2.1767	0.2054	172	0.1523	3386	99
2.1767-2.2107	0.1929	156	0.1489	3334	99
2.2107-2.2469	0.2036	168	0.1467	3332	99
2.2469-2.2857	0.1818	192	0.1476	3335	100
2.2857-2.3272	0.1889	147	0.1484	3449	100
2.3272-2.372	0.2119	170	0.1484	3356	100
2.372-2.4204	0.2018	158	0.1448	3387	100
2.4204-2.473	0.1922	175	0.1473	3398	100
2.473-2.5305	0.1872	173	0.1456	3367	100
2.5305-2.5938	0.2159	182	0.1473	3359	100
2.5938-2.6639	0.2124	189	0.1438	3408	100
2.6639-2.7423	0.1945	189	0.1482	3385	100
2.7423-2.8308	0.1854	162	0.1451	3390	100
2.8308-2.9319	0.1941	211	0.1563	3370	100
2.9319-3.0493	0.1984	160	0.1586	3417	100
3.0493-3.188	0.2108	177	0.1597	3411	100
3.188-3.356	0.2021	176	0.1545	3421	100
3.356-3.5661	0.2191	193	0.153	3418	100
3.5661-3.8413	0.1646	178	0.1454	3433	100
3.8413-4.2274	0.1665	174	0.1266	3465	100
4.2274-4.8382	0.138	220	0.12	3422	100
4.8382-6.0922	0.1862	181	0.1584	3521	100
6.0922-39.793	0.1904	178	0.1931	3657	99

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