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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kp3 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF SENDAI VIRUS Y3/ALIX-BRO1 DOMAIN COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / virus budding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteinase activated receptor binding / actomyosin contractile ring assembly / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / regulation of extracellular exosome assembly / extracellular exosome biogenesis / viral budding / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of extracellular exosome assembly / regulation of membrane permeability / regulation of centrosome duplication ...proteinase activated receptor binding / actomyosin contractile ring assembly / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / regulation of extracellular exosome assembly / extracellular exosome biogenesis / viral budding / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of extracellular exosome assembly / regulation of membrane permeability / regulation of centrosome duplication / midbody abscission / multivesicular body sorting pathway / bicellular tight junction assembly / actomyosin / positive regulation of exosomal secretion / multivesicular body assembly / Flemming body / RIPK1-mediated regulated necrosis / viral budding via host ESCRT complex / endoplasmic reticulum exit site / Uptake and function of anthrax toxins / mitotic cytokinesis / bicellular tight junction / immunological synapse / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / macroautophagy / virion component / Budding and maturation of HIV virion / protein homooligomerization / Regulation of necroptotic cell death / calcium-dependent protein binding / extracellular vesicle / melanosome / protein transport / host cell cytoplasm / endosome / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / focal adhesion / virus-mediated perturbation of host defense response / centrosome / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Murine respirovirus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Oda, K. / Matoba, Y. / Sakaguchi, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2021 タイトル: Structural Insight into the Interaction of Sendai Virus C Protein with Alix To Stimulate Viral Budding. 著者: Oda, K. / Matoba, Y. / Sugiyama, M. / Sakaguchi, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kp3.cif.gz | 111.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kp3.ent.gz | 83.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kp3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kp3_validation.pdf.gz | 447.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kp3_full_validation.pdf.gz | 451.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6kp3_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kp3_validation.cif.gz | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kp3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2oewS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41806.875 Da / 分子数: 1 / 断片: bro1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD6IP, AIP1, ALIX, KIAA1375 / プラスミド: pCold-ProS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WUM4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14555.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Murine respirovirus (ウイルス) / プラスミド: pCold-ProS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ECE0, UniProt: P04862*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.45 / 詳細: 15% PEG 3350, 0.2M Sodium Malonate-NaOH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月19日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→46.26 Å / Num. obs: 28045 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 151908 / Scaling rejects: 65 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OEW 解像度: 2.2→45.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.934 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.225 / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 183.87 Å2 / Biso mean: 55.073 Å2 / Biso min: 26.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→45.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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