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- PDB-6ko7: Crystal structure of the Ethidium bound RamR determined with XtaL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ko7
タイトルCrystal structure of the Ethidium bound RamR determined with XtaLAB Synergy
要素Putative regulatory protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / multisite binding pocket / HTH-MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHIDIUM / Putative regulatory protein / Transcriptional regulator RamR
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
Model detailsframework as crystalline sponge method
データ登録者Matsumoto, T. / Nakashima, R. / Yamano, A. / Nishino, K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Development of a structure determination method using a multidrug-resistance regulator protein as a framework.
著者: Matsumoto, T. / Nakashima, R. / Yamano, A. / Nishino, K.
履歴
登録2019年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative regulatory protein
B: Putative regulatory protein
C: Putative regulatory protein
D: Putative regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,81912
ポリマ－88,1774
非ポリマー1,6428
水5,657314
1
A: Putative regulatory protein
B: Putative regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9096
ポリマ－44,0892
非ポリマー8214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
2
C: Putative regulatory protein
D: Putative regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9096
ポリマ－44,0892
非ポリマー8214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area17630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.164, 54.276, 91.412
Angle α, β, γ (deg.)103.420, 97.450, 90.140
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Putative regulatory protein


分子量: 22044.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)
株: 14028s / SGSC 2262 / 遺伝子: STM14_0676 / プラスミド: PET DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A0F6AY66, UniProt: Q8ZR43*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ET / ETHIDIUM / エチジウム


分子量: 314.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 % / Mosaicity: 0.85 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG3350, ammonium sulfate, sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPic-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月15日
放射モノクロメーター: multi-layer mirror optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→23.45 Å / Num. obs: 88793 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Num. unique obs: 4303 / CC1/2: 0.479 / Rpim(I) all: 0.371 / Rrim(I) all: 0.548 / % possible all: 94.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.29データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrysalisProデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VVY

3vvy


解像度: 1.7→23.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.82 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.111
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 4325 4.9 %RANDOM
Rwork0.1685 ---
obs0.1718 84464 98.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.73 Å2 / Biso mean: 25.753 Å2 / Biso min: 12.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0.09 Å20.28 Å2
2---0.15 Å2-0.26 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→23.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5854 0 116 314 6284
Biso mean--23.96 35.06 -
残基数----737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0136082
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8451.6398212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5591.57613022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8485733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.51520.69348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.067151061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6761560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021437
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.409311754
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 331 -
Rwork0.263 6015 -
all-6346 -
obs--95.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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