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- PDB-6kmz: caspase-4 P22/P10 C258A in complex with human GSDMD-C domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kmz
タイトルcaspase-4 P22/P10 C258A in complex with human GSDMD-C domain
要素
  • (Caspase-4) x 2
  • (Gasdermin-D) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / pyroptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-4 / non-canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / pyroptotic cell death / non-canonical inflammasome complex assembly / NLRP1 inflammasome complex / pore complex assembly / Release of apoptotic factors from the mitochondria / wide pore channel activity / CARD domain binding ...caspase-4 / non-canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / pyroptotic cell death / non-canonical inflammasome complex assembly / NLRP1 inflammasome complex / pore complex assembly / Release of apoptotic factors from the mitochondria / wide pore channel activity / CARD domain binding / NLRP3 inflammasome complex / phosphatidic acid binding / Regulation of TLR by endogenous ligand / Interleukin-1 processing / cardiolipin binding / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylserine binding / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing / protein secretion / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Pyroptosis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / protein maturation / positive regulation of interleukin-1 beta production / lipopolysaccharide binding / NOD1/2 Signaling Pathway / mitochondrial membrane / protein homooligomerization / specific granule lumen / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / tertiary granule lumen / regulation of inflammatory response / defense response to Gram-negative bacterium / ficolin-1-rich granule lumen / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / lipid binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gasdermin / Gasdermin, PUB domain / Gasdermin PUB domain / Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain / Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain ...Gasdermin / Gasdermin, PUB domain / Gasdermin PUB domain / Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain / Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase-4 / Gasdermin-D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Ding, J. / Sun, Q.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Mechanism for GSDMD Targeting by Autoprocessed Caspases in Pyroptosis.
著者: Wang, K. / Sun, Q. / Zhong, X. / Zeng, M. / Zeng, H. / Shi, X. / Li, Z. / Wang, Y. / Zhao, Q. / Shao, F. / Ding, J.
履歴
登録2019年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年3月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details / Item: _pdbx_database_related.content_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-4
B: Caspase-4
E: Gasdermin-D
C: Caspase-4
D: Caspase-4
H: Gasdermin-D
a: Caspase-4
b: Caspase-4
c: Caspase-4
d: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,27810
ポリマ－167,27810
非ポリマー00
水00
1
A: Caspase-4
B: Caspase-4
E: Gasdermin-D
a: Caspase-4
b: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5815
ポリマ－83,5815
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Caspase-4
D: Caspase-4
H: Gasdermin-D
c: Caspase-4
d: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6965
ポリマ－83,6965
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.568, 140.568, 329.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質
Caspase-4 / CASP-4 / ICE and Ced-3 homolog 2 / ICH-2 / ICE(rel)-II / Mih1 / Protease TX


分子量: 20987.738 Da / 分子数: 4 / 変異: C258A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP4, ICH2 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49662, caspase-4
#2: タンパク質 Gasdermin-D / Gasdermin domain-containing protein 1


分子量: 20757.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSDMD, DFNA5L, GSDMDC1, FKSG10 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P57764
#3: タンパク質 Gasdermin-D / Gasdermin domain-containing protein 1


分子量: 20872.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSDMD, DFNA5L, GSDMDC1, FKSG10 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P57764
#4: タンパク質
Caspase-4 / CASP-4 / ICE and Ced-3 homolog 2 / ICH-2 / ICE(rel)-II / Mih1 / Protease TX


分子量: 10423.982 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP4, ICH2 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49662, caspase-4
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 7.5, 200 mM sodium tartrate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 5% glycerol and 4% 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.61→49.14 Å / Num. obs: 38808 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.43 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 13.83
反射 シェル解像度: 3.61→3.7 Å / Rmerge(I) obs: 1.106 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2781 / CC1/2: 0.768 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KMU

6kmu


解像度: 3.61→45.48 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3191 1993 -1993
Rwork0.3112 ---
obs0.3116 38742 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.61→45.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10693 0 0 0 10693
LS精密化 シェル解像度: 3.61→3.73 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3974 --
Rwork0.3369 3537 -
obs--97.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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