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- PDB-6kmv: caspase-11 C254A P22/P10 in complex with mouse GSDMD-C domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kmv
タイトルcaspase-11 C254A P22/P10 in complex with mouse GSDMD-C domain
要素
  • (Caspase-4) x 9
  • (Gasdermin-D) x 6
キーワードIMMUNE SYSTEM / pyroptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-11 / Release of apoptotic factors from the mitochondria / non-canonical inflammasome complex / Pyroptosis / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / pyroptotic cell death / Regulation of TLR by endogenous ligand / Interleukin-1 processing / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide ...caspase-11 / Release of apoptotic factors from the mitochondria / non-canonical inflammasome complex / Pyroptosis / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / pyroptotic cell death / Regulation of TLR by endogenous ligand / Interleukin-1 processing / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / pore complex assembly / canonical inflammasome complex / wide pore channel activity / NLRP3 inflammasome complex / NOD1/2 Signaling Pathway / phosphatidic acid binding / cardiolipin binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / positive regulation of macrophage cytokine production / phosphatidylserine binding / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing / protein secretion / ectopic germ cell programmed cell death / protein maturation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Neutrophil degranulation / actin filament organization / positive regulation of interleukin-1 beta production / lipopolysaccharide binding / mitochondrial membrane / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / regulation of inflammatory response / scaffold protein binding / regulation of apoptotic process / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / cysteine-type endopeptidase activity / innate immune response / neuronal cell body / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gasdermin / Gasdermin, PUB domain / Gasdermin PUB domain / Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain / Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain ...Gasdermin / Gasdermin, PUB domain / Gasdermin PUB domain / Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain / Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase-4 / Gasdermin-D
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Ding, J. / Sun, Q.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Mechanism for GSDMD Targeting by Autoprocessed Caspases in Pyroptosis.
著者: Wang, K. / Sun, Q. / Zhong, X. / Zeng, M. / Zeng, H. / Shi, X. / Li, Z. / Wang, Y. / Zhao, Q. / Shao, F. / Ding, J.
履歴
登録2019年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年3月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Caspase-4
B: Caspase-4
C: Gasdermin-D
D: Gasdermin-D
E: Caspase-4
F: Caspase-4
G: Gasdermin-D
H: Gasdermin-D
I: Caspase-4
J: Caspase-4
K: Gasdermin-D
L: Gasdermin-D
M: Caspase-4
N: Caspase-4
O: Gasdermin-D
P: Gasdermin-D
Q: Caspase-4
R: Caspase-4
S: Gasdermin-D
T: Gasdermin-D
U: Caspase-4
V: Caspase-4
W: Gasdermin-D
X: Gasdermin-D
Y: Caspase-4
Z: Caspase-4
a: Gasdermin-D
b: Gasdermin-D
c: Caspase-4
d: Caspase-4
e: Gasdermin-D
f: Gasdermin-D
g: Caspase-4
h: Caspase-4
i: Caspase-4
j: Caspase-4
k: Caspase-4
l: Caspase-4
m: Caspase-4
n: Caspase-4
o: Caspase-4
p: Caspase-4
q: Caspase-4
r: Caspase-4
s: Caspase-4
t: Caspase-4
u: Caspase-4
v: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)805,58548
ポリマ－805,58548
非ポリマー00
水00
1
A: Caspase-4
C: Gasdermin-D
g: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8123
ポリマ－49,8123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Caspase-4
D: Gasdermin-D
h: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5813
ポリマ－50,5813
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Caspase-4
G: Gasdermin-D
i: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5653
ポリマ－50,5653
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: Caspase-4
H: Gasdermin-D
j: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7703
ポリマ－49,7703
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Caspase-4
K: Gasdermin-D
k: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3933
ポリマ－50,3933
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
J: Caspase-4
L: Gasdermin-D
l: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2533
ポリマ－50,2533
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: Caspase-4
O: Gasdermin-D
m: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4643
ポリマ－50,4643
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
N: Caspase-4
P: Gasdermin-D
n: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1923
ポリマ－52,1923
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
Q: Caspase-4
S: Gasdermin-D
o: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3933
ポリマ－50,3933
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
R: Caspase-4
T: Gasdermin-D
p: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5413
ポリマ－48,5413
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
U: Caspase-4
W: Gasdermin-D
q: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3653
ポリマ－50,3653
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
V: Caspase-4
X: Gasdermin-D
r: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7233
ポリマ－50,7233
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
Y: Caspase-4
a: Gasdermin-D
s: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2073
ポリマ－50,2073
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
Z: Caspase-4
b: Gasdermin-D
t: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4943
ポリマ－50,4943
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
c: Caspase-4
e: Gasdermin-D
u: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3403
ポリマ－50,3403
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
d: Caspase-4
f: Gasdermin-D
v: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4943
ポリマ－50,4943
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.798, 139.207, 175.942
Angle α, β, γ (deg.)92.43, 99.06, 96.35
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 15種, 48分子 ABVCGODKSTWbfEFZdHIMNQYJLPeRcU...

#1: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 18030.602 Da / 分子数: 1 / 変異: C254A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#2: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 18870.598 Da / 分子数: 2 / 変異: C254A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#3: タンパク質 Gasdermin-D / Gasdermin domain-containing protein 1


分子量: 21497.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsdmdc1, Gsdmd / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D8T2
#4: タンパク質
Gasdermin-D / Gasdermin domain-containing protein 1


分子量: 21426.430 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsdmdc1, Gsdmd / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D8T2
#5: タンパク質
Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 18783.520 Da / 分子数: 4 / 変異: C254A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#6: タンパク質 Gasdermin-D / Gasdermin domain-containing protein 1


分子量: 20702.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsdmdc1, Gsdmd / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D8T2
#7: タンパク質
Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 18682.414 Da / 分子数: 5 / 変異: C254A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#8: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 16744.094 Da / 分子数: 1 / 変異: C254A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#9: タンパク質 Gasdermin-D / Gasdermin domain-containing protein 1


分子量: 23225.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsdmdc1, Gsdmd / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D8T2
#10: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 16831.172 Da / 分子数: 2 / 変異: C254A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#11: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 18654.406 Da / 分子数: 1 / 変異: C254A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#12: タンパク質 Gasdermin-D / Gasdermin domain-containing protein 1


分子量: 21568.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsdmdc1, Gsdmd / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D8T2
#13: タンパク質 Gasdermin-D / Gasdermin domain-containing protein 1


分子量: 21311.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsdmdc1, Gsdmd / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D8T2
#14: タンパク質
Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 10283.828 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#15: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 10212.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11

-
詳細

Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM sodium malonate (pH 6.5), 18% polyethylene glycol 3350, and 10 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→45.07 Å / Num. obs: 118363 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.41 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3.35→3.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / Num. unique obs: 8903 / CC1/2: 0.771

-
解析

ソフトウェア
名称分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KMU

6kmu


解像度: 3.35→37.442 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1999 -1999
Rwork0.2188 ---
obs0.2194 118238 98.24 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→37.442 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数56064 0 0 0 56064
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.43 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3196 --
Rwork0.3105 8142 -
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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