[日本語] English
万見
- PDB-6km9: Crystal structure of SucA from Vibrio vulnificus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6km9
タイトルCrystal structure of SucA from Vibrio vulnificus
要素Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component
キーワードOXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain ...2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.724 Å
データ登録者Seo, P.W. / Kim, J.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea) 韓国
引用ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2020
タイトル: Understanding the molecular properties of the E1 subunit (SucA) of alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex from Vibrio vulnificus for the enantioselective ligation of acetaldehydes into (R)-acetoin.
著者: Seo, P.W. / Jo, H.J. / Hwang, I.Y. / Jeong, H.Y. / Kim, J.H. / Kim, J.W. / Lee, E.Y. / Park, J.B. / Kim, J.S.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component
B: Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,5369
ポリマ－199,0322
非ポリマー1,5047
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13180 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area56870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.271, 76.708, 144.579
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and resid 87 through 934)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1P6GP6Gchain AAA - C87 - 100132
2ASNASN(chain B and resid 87 through 934)BB87 - 93432 - 879

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component


分子量: 99516.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (strain CMCP6) (バクテリア)
株: CMCP6 / 遺伝子: sucA, VV1_0157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3Q0L1E1, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring)

-
非ポリマー , 5種, 146分子

#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 220 mM calcium acetate, 100 mM 2-(Bis(2-hydroxyethyl)amino)acetic acid (BICINE) (pH 9.0), 50% (v/v) PEG 300, 0.1 mM ThDP, and 0.1 mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→50 Å / Num. obs: 47954 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.8 % / Rpim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / Num. unique obs: 2401 / Rpim(I) all: 0.424

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JGD

2jgd


解像度: 2.724→47.377 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 1916 4 %
Rwork0.1918 --
obs0.1941 47911 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.48 Å2 / Biso mean: 43.7673 Å2 / Biso min: 23.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.724→47.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13345 0 93 139 13577
Biso mean--43.89 36.28 -
残基数----1689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85918634
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062459
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6588234
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8182X-RAY DIFFRACTION9.316TORSIONAL
12B8182X-RAY DIFFRACTION9.316TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7242-2.79230.31461250.2806301392
2.7923-2.86780.31391380.2509330299
2.8678-2.95220.29771380.2408329599
2.9522-3.04740.29721350.2384325698
3.0474-3.15630.31361350.2377322697
3.1563-3.28270.27751390.2121331599
3.2827-3.4320.25551370.2007330999
3.432-3.61290.24751370.188330499
3.6129-3.83920.21531400.1749333799
3.8392-4.13550.20751350.1599323297
4.1355-4.55130.20451390.14943359100
4.5513-5.20920.2281400.1576333499
5.2092-6.56030.24511380.194330998
6.5603-47.3770.2561400.1901340498
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.2153 Å / Origin y: 5.3585 Å / Origin z: -35.8907 Å
111213212223313233
T0.2362 Å2-0.0045 Å2-0.04 Å2-0.2634 Å20.0026 Å2--0.3826 Å2
L0.4833 °20.0837 °2-0.0431 °2-0.5202 °20.0253 °2--0.4352 °2
S0.0545 Å °-0.0983 Å °0.0432 Å °0.0753 Å °-0.06 Å °-0.0077 Å °0.0064 Å °0.0054 Å °0.0051 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA87 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION1allB87 - 1001
3X-RAY DIFFRACTION1allC1000
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 139

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る